参考：https://github.com/MengwuXiao/GetBox-PyMOL-Plugin
Usages:
this plugin is a simple tool to get box information for LeDock and Autodock Vina or other molecular docking soft. Using the following functions to get box is recommended.
该插件是一个获取LeDock和Autodock Vina或其他分子对接软件box信息的简单的工具，。推荐使用以下函数来获取box。

• autobox [extending] (NOTES: solvent & some anions will be removed)
  this function autodetects box in chain A with one click of mouse, but sometimes it fails for too many ligands or no ligand
  e.g. autobox

• getbox [selection = (sele), [extending = 5.0]]
  this function creates a box that around the selected objects (residues or ligands or HOH or others). Selecting ligands or residues in the active cavity reported in papers is recommended
  e.g. getbox
  e.g. getbox (sele), 6.0

• resibox [Residues String, [extending = 5.0]]
  this function creates a box that arroud the input residues in chain A. Selecting residues in the active cavity reported in papers is recommended
  e.g. resibox resi 214+226+245, 8.0
  e.g. resibox resi 234 + resn HEM, 6.0

• showbox [minX, maxX, minY, maxY, minZ, maxZ]
  this function creates a box based on the input axis, used to visualize box or amend box coordinate
  e.g. showbox 2,3,4,5,6,7

• rmhet
  remove HETATM, remove all HETATM in the screen

安装方法：

1.下载：

https://github.com/MengwuXiao/GetBox-PyMOL-Plugin/releases/download/v1.1/GetBox-PyMOL-Plugin.v20180204.zip

2. 安装：

打开PyMOL->Plugin->(Plugin Manager)->Install (New) Plugin->找到GetBox Plugin.py安装->重启PyMOL->安装成功。
PyMOL的Plugin工具栏会多出一个菜单项GetBox Plugin，有三个子菜单，分别为：Advanced usage、Autodetect box、Get box from selection (sele)。

用法简介

Autodetect box 的功能是打开蛋白后一键自动获取盒子，相应代码为autobox 5.0，适用于A链中只有一个配体的蛋白分析。
Get box from selection (sele) 的功能是在选定了配体或氨基酸后一键获取盒子，相应代码为getbox (sele), 5.0，适用于含有配体的蛋白分析，也适用于没有配体但有文献报道的蛋白。
Advanced usage 是“高级用法”的介绍，是针对以上两种方法参数固定的缺陷而设计的，使用者可以用GetBox Plugin自带的函数灵活地进行盒子分析。

在这里，我们利用这一插件对最常用的α-葡萄糖苷酶进行分析。

1. 下载pdb

fetch 4j5t

此处可见，α-葡萄糖苷酶有两个相同的活性位点，分别有两个二糖。
选中配体分子（）后，点击Get box from selection (sele)，出现对接口袋的信息。

*********AutoDock Grid Option*********
npts 53 45 45 # num. grid points in xyz
spacing 0.375 # spacing (A)
gridcenter -27.855 0.566 9.926 # xyz-coordinates or auto

getbox.png

也可以自动检测对接口袋，点击Autodetect box。与上述不同的是，两个二糖在同一个对接口袋中。

*********AutoDock Grid Option*********
npts 67 141 100 # num. grid points in xyz
spacing 0.375 # spacing (A)
gridcenter -25.251 -17.538 20.197 # xyz-coordinates or auto

getbox1.png