seurat 对象中的 counts 转成稀疏矩阵barcodes.tsv.gz、features.tsv和matrix.mtx.gz三个文件

  • 所使用的R包：DropletUtils

  • 函数：write10xCounts

BiocManager::install("DropletUtils")    # 安装 R 包

library(DropletUtils)    # 加载 R 包

# seurat 对象导出 barcodes.tsv.gz、features.tsv 和 matrix.mtx.gz 至 output 文件夹

write10xCounts("output/",seurat_ob[["RNA"]]@counts,version = "3")
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