FindNeighbors函数报错:Error in validityMethod(as(object, superClass)) : object 'Csparse_validate' not...

解决方法:我的R版本是4.2.2,更换Matrix包版本到1.5.4。

问题:运行FindNeighbors函数出现报错,如下:

> pbmc <- FindNeighbors(pbmc, dims = 1:10)
Computing nearest neighbor graph
Computing SNN
Error in validityMethod(as(object, superClass)) : 
  object 'Csparse_validate' not found'

根据大佬的文章https://www.jianshu.com/p/b1534dd453c6知道是Matrix包版本的问题,我的Matrix包的版本是1.5.3,

> packageVersion('Matrix')
[1] ‘1.5.3’

但是大佬的方法需要用到Rtools,我用的服务器,未安装Rtools,看网上linux安装Rtools好像很麻烦,因此,试着换Matrix包的版本,我的R版本是4.2.2,发现1.5.4版本安装后FindNeighbors函数是可以成功运行的,4.2.2的R版本的友友们可以试试。

> pbmc <- FindNeighbors(pbmc, dims = 1:10)
Computing nearest neighbor graph
Computing SNN
> packageVersion("Matrix")
[1] ‘1.5.4’
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