天宝三载，元月十四日，长安即将迎来一年中最重要的节日-上元节。然而，从西市进来的一批胡商，将彻底打破这份宁静，并将带来一场有可能毁灭长安的灾难。
靖安司，负有保卫长安的职责，而从西市进入的这一批十六人，是突厥人入城的最后一批，也是他们唯一跟踪到的线索。
由于疏忽，关键人物逃跑，唯一的线索断了，靖安司司丞李泌此时深知长安城正处于水深火热之中，不得不启用死刑犯张小敬。
就这样，本书男主人公张小敬暂时获释出场。张小敬，十年西域兵，九年不良帅。这意味着，他见过战场上刀光剑影，血肉横飞，生离死别。他经历过官场沉浮，理过万卷官司，察过世间百态。李沁给他的任务是：在十二时辰内，揪出那个长安城的危险敌人。李沁许他死刑赦免，并给他官职，他没有被打动。最终打动他的，是长安城中岌岌可危的无数条鲜活生命。这便应了本书一句话：一人之命，自然不及万众之命。
张小敬开始拨开迷雾，最开始帮助他的，是靖安司大案牍术（可理解为现代大数据）筛查可疑胡商，并上门搜查。另外就是敌人渴求长安坊间地形图，将藏有地形图的胡商挨个搜查，有可能捉到蛛丝马迹。最终在袄教（一个宗教）抓到身藏坊图的突厥死士，最终坊图被名叫龙波的人从死士身上顺走。
此番大闹袄教，得罪了袄教信徒，袄教大萨宝上门讨要说法。这时候的靖安司最高领导人不是李沁，而是年过八十贺知章，贺知章不如李沁激进，坚决反对启用张小敬，正要把张小敬押回牢里，却碰见大萨宝这个煞神，张小敬此时奉上一计，平息大萨宝的怒火不宜用财色，攻心为上，便让贺知章先阐明长安危机，再用袄教习语劝说袄教大萨宝，大萨宝一听教中习语，有种遇知音之感，说到最后竟化敌为友。众人皆感叹张小敬此攻心之计妙哉。李沁此时用计将贺知章气得病倒，张小敬继续追捕敌人。
随后他潜入敌人地界被抓，发现被绑架的官员之女王韫秀踪迹。张小敬昔日的战友之女闻染误被认作官员之女。张小敬依据闻染身上香味追查，识破敌人的猛火雷炸药，追查猛火雷马车，最终将马车引入水中，伤亡几乎为零，我以为故事到这就结束了，伟大的英雄救了长安，可我却没想到故事才刚刚开始。
张小敬以为自己抓住了狼尾巴，却没想到，狼才刚刚露出獠牙。
张小敬将装有猛火雷的马车引入水中，阻止其爆炸后，并没有完全歼灭敌人，仍有许多猛火雷藏匿在长安某处，长安处境依旧危险。张小敬此时却意外被之前的仇人抓回牢内，拼死逃出后，便开始了这十二时辰一个新篇章。张小敬一边被朝廷势力打压，一边忙于追寻那剩下的猛火雷和幕后真凶。而这偏偏是最讽刺的，张小敬当不良帅期间，老战友即闻染之父遭奸人迫害，张小敬为讨回公道杀死了自己上司，被判处死刑。已对朝廷心灰意冷的他，却为了长安城人民们重新为朝廷效力，可之前仇人永王却依旧不放过他，李相（朝廷命官，与靖安司对立）也处处针对，而他这个能拯救长安于水火之中的人正在被那个他深恶痛绝的朝廷迫害，他却依旧为靖安司奔走。正如一句话，一英雄正灭热锅之火，却被锅中之人视为仇敌。他究竟为了什么？
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