参考conda安装与使用 - 知乎 (zhihu.com)
参考Linux系统下conda的安装与使用_mob604756ff6c49的技术博客_51CTO博客
1.conda安装
使用wget命令下载软件包
$ wget -c --no-check-certificate https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
#-c：断点续传
#--no-check-certificate： 必须要用
2.安装命令
chmod 777 Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ##刚下载好的安装包没有可执行权限，所以需要先给权限
sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ##运行.sh
Miniconda3 will now be installed into this location
直接输入：你想要存放的路径里。
3 .验证conda是否安装成功
export PATH="/root/miniconda3/bin:"$PATH
或
export PATH="/home/songxh/miniconda3/bin:"$PATH
依次输入ESC、：、wq保存编辑
输入命令使.bashrc文件生效
source ~/.bashrc
输入conda,如正常返回，说明conda安装成功。
4 .添加清华大学的镜像源
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
conda config --get channels
查看conda配置
vi ~/.condarc
- 环境管理命令
可使用如下命令查看已有环境列表，*表示当前环境，base表示默认环境
conda env list
使用命令“conda create -n 环境名称 python=版本号”创建环境，这里创建了名称为3.9的python版本号为3.9的虚拟环境，稍微等待，过程中输入“y”.
conda create -n rnaseq python=3.9 #在用
conda create -n rna python=3 #创建名为rna的软件安装环境
conda create -n rnaseq
小环境操作
#激活环境，默认处于base环境，进入其他环境需要使用source activate手动切换
conda activate rnaseq
#若要退出当前环境，使用source deactivate，默认回到base 环境
conda deactivate
#移除环境
conda env remove -n [env_name]
conda下载软件包#在不同的小环境里可以下载相同的软件包。
conda install -y cutadapt #添加-y参数跳过确认的步骤
cutadapt --help
#>cutadapt version 4.1
conda install -y fastqc
fastqc --help
conda install -y trim-galore
###直接用。Trim Galore是自动检测转录组数据adapter的质控软件，
###cutadapt软件可以对NGS数据进行质量过滤，
###FastQC软件可以查看NGS数据的质量分布，
###trim_galore将这两个软件封装到一起，使用起来更加的方便。
