一、按照构建的进化树排列蛋白序列

二、利用meme预测蛋白结构

（网址：http://meme-suite.org/tools/meme）

注意这里提交的是根据进化树顺序排列的蛋白序列

上传序列的路径不能出现中文

Advanced options可改模体宽度  模体宽度我选了6-200，有的文章是直接按照默认的宽度

找多少个模体时，先往大了输，等确定模体数量后，再改成相应的数量

如何确定寻找模体数量：E值大于0.05显著的主题是不寻常的，模因显示这些部分透明,应舍弃，所以正确的数量应是不透明的部分的数量。

结果格式

有几种结果格式，MEME HTML可在线查看结果

XML可导入TBtools进行美化

三、TBtools美化结果图

选择哪种XML文件

根据图片内容，一般选择MAST XML文件进行下载

下载方法：右键复制该文件下载地址，到迅雷下载

TBtools美化结果图

上传xmL文件和list文件

list文件需把基因名称一列列写好（如图），且与XML的基因名称及顺序一一对应，如果名称、顺序不对应将导致识别不出

list文件实例

top max motif to show改成相应的数量，motif shape选rect,line style选down（down是线在下面，可根据自身需求）.其他默认。

出来的结果可右键改颜色，颜色可吸取。然后存为PDF进AI进行修改。

进化树的PDF可采用以下步骤增强画质：

编辑-首选项-一般-使用固定分辨率来显示快照工具图像（改成720）

                   -页面显示 -自定义分辨率（改成4800）

（固定分辨率时无法放大缩小，若需要放大缩小时可取消勾选）