程心和艾AA坐着光速飞船朝着云天明送给她的星星DX3906光速飞去，在飞船的参照系内，只航行了五十二小时，但却已经距太阳系二百八十六点五光年。也就是说在大宇宙的参照系内，时间已经过去了二百八十六点五年。
程心的航行像个信息弹一样传播出去，四面八方的文明都闻讯而动。DX3904并非裸星，还有两颗行星，像地球的蓝星和像月球的灰星。和关一帆一起的考察队已经先行一步来到DX3906的两颗行星上考察了地质地貌，之后只留下关一帆在蓝星上等待程心。云天明也随之而来，但是因为程心跟着关一帆去灰星察看信息源，在回来的时候遭遇死线扩散。飞船被囚禁在低光速的黑域内，一直过了十六天才出来。在这十六天内，蓝星及周围的外部世界已经过去了一千八百九十万年。在这一千八百九十万年里，与程心擦肩而过的云天明与艾AA度过了幸福的一生，甚至创造过一个文明。云天明送给程心和关一帆一个小宇宙。这个小宇宙独立于时间之外，程心和关一帆可以在里边度过他们的一生。在这个小宇宙里，有机器人管家智子和另外三个劳动机器人照顾他俩的生活。他们种植麦子保证有足够的食物。
程心和关一帆在小宇宙里学习三体文字，了解三体文明和历史，程心还开始写回忆录，也就是本书一开始就出现的《时间之外的往事》。
在之前云天明讲的童话故事里，最后也是露珠公主和长帆一起。云天明似乎掌握了预测未来的技术，云天明本来想要干预，于是乘坐光速飞船快马加鞭地赶过来，但正是他的航迹干扰了死线，造成了扩散，将程心和关一帆困在黑域里，结果他们再也不能相见。
云天明所在的三体世界制造小宇宙的技术已经很成熟，制造了几百个。宇宙中的其他文明，也制造了很多个，这些小宇宙带走了大宇宙的质量。后来，程心和关一帆收到了归零者通过超膜广播发布的回归运动声明，要求小宇宙把质量归还到大宇宙里。
如果大家都不归还，大宇宙就会永远地膨胀，恒星将相继熄灭，解体为稀薄的星云，直到几乎为无，大宇宙将变成空旷的坟墓。但是小宇宙永远存在。
如果大家归还小宇宙，大宇宙坍缩为奇点并发生新的创始大爆炸，重新诞生一个可能大于十维的新宇宙。
《三体III：死神永生》的结局是开放的。作者没有告诉我们大宇宙最终是无限膨胀还是坍缩了，也没有告诉我们程心与关一帆将要去的地方到底如何，他们最后的生活如何。
但这本书的书写又是闭环的。在故事情节上，一开始，云天明送给程心一颗距离太阳系三百八十六点五光年的星星DX3906，站在地球上，仅仅能看得见。后来，太阳系被二维化，地球也消失了，再也看不见，程心却来到了这颗星星的行星上。首尾呼应。
