学习小组Day3笔记-Yep

Day3学习软件安装

Linux安装软件，如果不手动安装，则需要下载conda,然后利用conda安装相关生信的软件。

1.安装Conda

关于conda的介绍
Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。conda原来是为了python程序建立的，但后来与多个软件包都能很好的转换。conda可以从miniconda和anaconda进行安装。但今天学习miniconda的安装，miniconda比较适合非root用户的安装。
miniconda是conda的一个免费的最小安装程序。它是Anaconda的一个小的引导版本，只包含conda、Python、它们所依赖的包，以及少量其他有用的包，包括pip、zlib和其他一些包。使用conda安装命令从Anaconda存储库安装720+附加的conda包。

相关信息

miniconda官网链接https://conda.io/en/latest/miniconda.html
找到miniconda安装的镜像
(https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/)

镜像网站

首先了解一下镜像：镜像文件其实和ZIP压缩包类似，它将特定的一系列文件按照一定的格式制作成单一的文件，以方便用户下载和使用。

百度关于镜像相关知识

需要选择对应的版本，则需要知道服务器的版本类型，使用unname -n

查看版本

知道服务器为64位，则选择对应版本并复制链接地址：

复制链接地址用于下载

使用wget可以对链接地址的内容进行下载(但是要选择最新版本的）

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

开始安装

利用bash运行脚本，然后一路按Enter，遇到yes/no，选择yes，最后出现Thank you for installing Miniconda3!即为安装成功，运行好后去到~目录中查看是否有miniconda的文件夹

得到文件夹.png

image.png

激活安装的conda,出现像图片中这样就是激活成功

source ~/.bashrc
conda

激活

配置镜像（主要是清华镜像，提高运行速度）

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

2.利用conda安装生信相关的软件

查看conda列表

conda list

查看列表

搜索需要的软件

conda search fastqc

报错

发生错误，查看错误，登陆不上，跳过直接安装

安装软件

conda install fastqc

或者添加版本号，后面加-y为自动下载

conda install fastqc=0.11.7 -y

安装过程

安装成功

也可以去到miniconda的bin目录下使用ls -l查看fastqc是否安装成功

fastqc存在bin中

卸载软件

conda remove fastqc -y

发现卸载软件也出现之前在搜索fastqc时出现的问题。

image.png

通过查找，可能的原因是conda版本的问题。则通过以下链接修改，最后创建移除fastqc这个环境成功。https://blog.csdn.net/donaldsy/article/details/104322223/(解决方法链接）

conda config --set allow_conda_downgrades true
conda install conda=4.6.14

修改报错

删掉fastqc安装包

并且重新查找fastqc也可以用了

conda search fastqc

关于conda环境

https://www.cnblogs.com/dadream/p/10820379.html(相关知识）

conda环境就是隔离不同的环境，通过虚拟环境实现，需要新建环境，激活环境，最后退出环境

conda  info --envs#列出所有环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic#上面那一步报错使用这一步
conda  info --envs
conda activate rna-seq
conda  info --envs
trimmomatic

当前的环境有