Day3学习软件安装
Linux安装软件，如果不手动安装，则需要下载conda,然后利用conda安装相关生信的软件。
1.安装Conda
- 关于conda的介绍
Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。conda原来是为了python程序建立的，但后来与多个软件包都能很好的转换。conda可以从miniconda和anaconda进行安装。但今天学习miniconda的安装，miniconda比较适合非root用户的安装。
miniconda是conda的一个免费的最小安装程序。它是Anaconda的一个小的引导版本，只包含conda、Python、它们所依赖的包，以及少量其他有用的包，包括pip、zlib和其他一些包。使用conda安装命令从Anaconda存储库安装720+附加的conda包。
相关信息
miniconda官网链接https://conda.io/en/latest/miniconda.html - 找到miniconda安装的镜像
(https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/)
镜像网站
首先了解一下镜像：镜像文件其实和ZIP压缩包类似，它将特定的一系列文件按照一定的格式制作成单一的文件，以方便用户下载和使用。
百度关于镜像相关知识
需要选择对应的版本，则需要知道服务器的版本类型，使用unname -n
查看版本
知道服务器为64位，则选择对应版本并复制链接地址：
复制链接地址用于下载
使用wget可以对链接地址的内容进行下载(但是要选择最新版本的）
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
开始安装
利用bash运行脚本，然后一路按Enter，遇到yes/no，选择yes，最后出现
Thank you for installing Miniconda3!即为安装成功，运行好后去到~目录中查看是否有miniconda的文件夹
得到文件夹.png
image.png
- 激活安装的conda,出现像图片中这样就是激活成功
source ~/.bashrc
conda
激活
- 配置镜像（主要是清华镜像，提高运行速度）
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
2.利用conda安装生信相关的软件
- 查看conda列表
conda list
查看列表
- 搜索需要的软件
conda search fastqc
报错
发生错误，查看错误，登陆不上，跳过直接安装
- 安装软件
conda install fastqc
或者添加版本号，后面加-y为自动下载
conda install fastqc=0.11.7 -y
安装过程
安装成功
也可以去到miniconda的bin目录下使用ls -l查看fastqc是否安装成功
fastqc存在bin中
- 卸载软件
conda remove fastqc -y
发现卸载软件也出现之前在搜索fastqc时出现的问题。
image.png
通过查找，可能的原因是conda版本的问题。则通过以下链接修改，最后创建移除fastqc这个环境成功。https://blog.csdn.net/donaldsy/article/details/104322223/(解决方法链接）
conda config --set allow_conda_downgrades true
conda install conda=4.6.14
修改报错
删掉fastqc安装包
并且重新查找fastqc也可以用了
conda search fastqc
关于conda环境
https://www.cnblogs.com/dadream/p/10820379.html(相关知识）
- conda环境就是隔离不同的环境，通过虚拟环境实现，需要新建环境，激活环境，最后退出环境
conda info --envs#列出所有环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic#上面那一步报错使用这一步
conda info --envs
conda activate rna-seq
conda info --envs
trimmomatic
当前的环境有
当前环境
-
建立新环境以及需要的软件，查看新环境并激活
新环境建立
发现报错
报错
但是去掉后面的-y则安装成功
去掉自动安装选项
新环境创建成功
激活环境
查看安装的相关软件有说明表示激活成功 - 退出当前环境
conda deactivate
退出环境
- 进入环境source activate+环境名
source activate rna-seq
进入环境
思维导图
思维导图
