在Linux中使用R语言时通常无法实时预览画图结果,需要导出PDF传到Windows下才能看,但画图过程中可能会频繁调整参数来修改配色等其他设置,因此如果能够实时预览R语言可视化结果会很方便。这时就需要将R语言的画图请求转发至X11,并通过Xming预览。
Step1: 确保服务器预装了X11,并且开启了X11 forwarding
查看服务器是否安装X11:如果服务器已安装X11,则在/etc下会有X11目录
ls /etc/X11/
查看X11 forwarding是否开启:在/etc/ssh/sshd_config文件中,如果X11Forwarding为yes则证明X11 forwarding已开启
less /etc/ssh/sshd_config
Step2: 安装Xming
Xming下载地址:https://sourceforge.net/projects/xming/
一直选下一步即可安装成功
启动后会出现Xming Server:0.0
Step3: 设置Xshell
在连接Xshell时,在SSH-隧道选项卡中将“转发X11连接到(X):”设置为X DISPLAY(D)
Step4: 测试是否成功
输入xclock命令,会弹出Xming
Step5: 在Linux中实现R画图实时预览
plot(0,0)
#画一个基因表达量热图
Heatmap(tpm[,c(8:12)],cluster_rows=T,cluster_columns=F,show_row_names=F,show_column_names=T,row_split=tpm$Cluster)