【单细胞转录组 实战】一、背景知识

这里是佳奥！终于到了单细胞篇章，这将会是一个很长的系列，先前我们学习了R，shell脚本以及转录组分析，有了这些基础我们开始单细胞转录组的学习。

让我们开始吧！

重现的文章：Spatially and functionally distinct subclasses of breast cancer-associated fibroblasts revealed by single cell RNA sequencing

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30514914/
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE111229

第一步：比对 STAR

第二步：评估 计算变异系数

第三步：数据分析 分群、差异分析RTOS edgeR DESeq2、细胞周期scran、GO分析

第四步：结合公共数据库

文章的表达矩阵：


QQ截图20220830160203.png

要复现的图：


QQ截图20220830160337.png
QQ截图20220830160353.png

那么下一篇，我们就正式开始单细胞转录组上游分析。

我们下一篇再见！

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