configure: error: "libxml not found"——2024-09-19

R环境下,安装rtracklayer包时报错缺少XML,于是先手动安装XML包

# ERROR: dependencies ‘XML’, ‘restfulr’ are not available for package ‘rtracklayer’
> install.packages("XML")
# 报错
# configure: error: "libxml not found"
# ERROR: configuration failed for package ‘XML’
# * removing ‘/public/home/xuanjj/.conda/envs/R4.4/lib/R/library/XML’

首先,查看xml2的安装目录:

# 查看xml2是否在系统中,以及安装目录在哪里
xml2-config --cflags  # 输出结果根据不同用户的习惯,anaconda安装路径不同
# -I/public/home/xuan/miniconda3/include/libxml2 -I/public/home/xuan/miniconda3/include

locate xml2-config
# /public/apps/anaconda3/bin/xml2-config
# /public/apps/anaconda3/bin/xml2-config.bak
# /public/apps/anaconda3/lib/cmake/libxml2/libxml2-config.cmake
# /public/home/xuan/.conda/pkgs/libxml2-2.12.6-h232c23b_2/bin/xml2-config
# /public/apps/anaconda3/pkgs/libxml2-2.9.10-he19cac6_1/bin/xml2-config
# /public/apps/anaconda3/pkgs/libxml2-2.9.10-he19cac6_1/lib/cmake/libxml2/libxml2-config.cmake
# /public/apps/anaconda3/pkgs/libxml2-2.9.10-he19cac6_1/share/man/man1/xml2-config.1
# /public/apps/anaconda3/pkgs/libxslt-1.1.34-hc22bd24_0/bin/xml2-config.bak
# /public/apps/anaconda3/share/man/man1/xml2-config.1

也就是说,安装XML时,即使libxml2在系统环境变量中,但系统仍然无法在环境变量中识别到可用的libxml2,所以需要在安装XML之前,手动指定安装时libxml2的目录。

进入R,首先根据libxml2的目录,指定用户自身的libxml2目录,但是安装XML失败
> Sys.setenv(XML_CONFIG="/public/home/xuan/.conda/pkgs/libxml2-2.12.6-h232c23b_2/bin/xml2-config")
> install.packages("XML")
随后,修改成系统的libxml2路径,安装XML成功了,但不知道是什么原因(望解答)
> Sys.setenv(XML_CONFIG="/public/apps/anaconda3/bin/xml2-config")
> install.packages("XML")
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