人类基因组学研究的方法学内容与中医学许多方面有相似之处：整体观念是中医学理论体系的一个基本特点，而基因组学是从整个基因组的层面上阐明所有基因在染色体组上的位置、结构、基因产物的功能以及基因与基因之间的关系，也具有鲜明的“整体性”；中医体质学说认为体质决定着个体对某些致病因素的易感性，及某些疾病的证候类型，基因组学认为携带易感基因是导致不同个体对某些疾病有先天易感的重要因素；中医强调“阴阳平衡”，而基因组学认为正常人体功能相互对立的基因存在着动态的平衡这种平衡的失调是疾病发生的根本原因。正式这些相似之处使得两者之间的相互渗透成为可能，也为中医学的现代化研究提供了良好的切入点。
1、基因组学与中医证候的相关性研究：沈自尹院士倡导：“遵循中医学研究本身的内在规律，充分利用功能基因组学的研究成果，建立中医证的表达谱，将是21世纪中医药学的主要发展趋势。”目前证——相关基因研究的思路主要有：不同证候状态下基因表达的比较研究；中医证型与基因多态性的相关研究以及基因突变型与中医证型的相关性研究等。
2、基因组学与中药研究：中药材及中药复方中所含化学成分、有效成分的鉴定存在很多困难，且其作用一般认为是多靶点和多种机理协调共同作用的结果，如何从分子水平上弄清中药作用机理及其代谢过程是目前我国中药研究面临的一个重要问题。药物基因组学和基因芯片为人们从基因网络的层次上分析整个生物体系提供了一个重要的平台。（1）探索中药作用靶点与作用机制：中药及复方是多组分、多靶点、多途径的整合调节作用。有学者认为中医药发挥作用可能是通过调控、修饰疾病的相关（易感）基因表达及表达产物上。通过芯片技术、测定治疗前后的基因表达谱及蛋白质谱，可能揭示通过哪些靶点起作用。（2）中药有效部位的确定：选择特定的疾病模型，建立该疾病的基因芯片，并以此检测药物作用后基因的表达差异，从而对单味药的各种化学成分或不同的复方进行筛选和分析，找出确定的有效成分或合适的组方供进一步进行新药研究。（3）道地药材鉴别、（4）中药材鉴定。
3、基因组学与经络学研究：针灸学在关键性功能基因调控方面优势明显，针灸的作用机制研究有望通过借鉴基因科学的先进的理论与技术而有所突破，建立“针灸—基因表达谱”数据库。
内容参考：吴欣芳, 李影华, 王朋倩. 基因组学与中医药研究[J]. 辽宁中医药大学学报, 2012(5):53-55.
思考：这篇文章时间较早，是2012年的，芯片技术在15年之前应用较多，高通量测序技术出现之后，基因组学的研究又有了质的飞跃，此文章仅做参考。
