NBIS系列单细胞转录组数据分析实战汇总

Single cell RNA-seq analysis workshop

该系列课程由瑞典国家生物信息学基础设施(NBIS) 负责设置，为瑞典Phd学生，博士后，研究人员和瑞典学术界的其他工作人员开设的全国性研讨会。

本课程将通过演讲和实战练习涵盖了单细胞转录组（scRNA-seq）数据分析的基本步骤。涵盖的主题包括：

• An overview of the current scRNAseq technologies（当前常用scRNA-seq技术概述）
• Basic overview of pipelines for processing raw reads into expression values（原始测序数据比对转换为基因表达矩阵的分析流程概述）
• Quality control of scRNAseq data（scRNA-seq数据的质量控制）
• Dimensionality reduction and clustering techniques（数据降维和聚类分析技术）
• Data normalization（数据归一化处理）
• Differential gene expression for scRNAseq data（scRNA-seq数据的差异基因表达分析）
• Celltype prediction（细胞类型预测）
• Trajectory analysis（细胞轨迹拟时分析）

• Comparison of different analysis pipelines such as Seurat, Scran and Scanpy（不同分析工具流程的比较，如Seurat，Scran和Scanpy）

  
  
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NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（一）：数据质控

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NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（二）：数据降维可视化

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NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（三）：多样本数据整合

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NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（四）：细胞聚类分析

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NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（五）：基因差异表达分析

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NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（六）：细胞类型注释

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NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（七）：空间转录组分析

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NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（八）：拟时序细胞轨迹推断

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