Linux如何安装软件
了解conda——linux的应用商店
来自生信星球
开始下载miniconda
- 找到miniconda 的最新版本
- 搜索“miniconda 清华”
- 找到Linux下64位最新版本下载链接并复制
- 进入服务器（xshell）
- 进入biosoft目录
cd biosoft - 开始下载
wegt 下载链接
- 安装miniconda
-
bash Miniconda3-latest-Linux-x86
bash指令表示运行
- 激活miniconda
source ~/.bashrc
- 添加镜像
- 运行下列代码即可
# 使用清华镜像
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes
镜像网站是个啥?
所谓镜像网站，相当于主网站的副本，conda在国外，我们在国内下载软件速度会很慢，因此配置镜像，从镜像网站下载，可以加快下载速度。
终于安装好了
开始使用conda
-
conda list查看当前服务器上的所有软件列表
软件列表 -
conda search fastqc搜索conda软件
【fastqc是数据质控软件】
fastqc -
安装软件
conda install fastqc -y
【-y表示的是yes】
安装软件 卸载软件
conda remove fastqc -y
多了解一点conda
conda 环境
生信实战中，需要分析转录组、基因组组装、重测序等多个项目。
每一个项目都需要不同的软件，另外软件之间的结合也是需要版本要求的，比如A项目你需要用a软件V 1.0版本，但是处理B项目又需要用到a软件的V 1.5版本，怎么办？
--别想了，办法就是分身！！按照你的项目，定制不同的分身，安装不同的软件，互不干扰。这个分身就是不同的“conda environment”。
---来自生信星球
-
查看conda当前环境:
conda info --envs前面带*表示是默认环境
环境查看 -
建立一个conda环境
conda creat -n rna-seq python=3 fastqc trimmmomatic -y
conda环境建立 -
激活conda环境:
conda activate rna-seq
退出conda环境:conda deactivate
激活与退出
总结
- 自从学会了有问题上百度,感觉学的都没那么难了(虽然我学的还只是入门级别),毕竟有目标有路线。就算百度不行，还有bing，搜狗各种大神嘛！
- 继续加油吧！时间管理值得表扬！
