通过一个实例，我们先来了解一下系统学家一般是如何重建系统发育？
以蔷薇科的黑莓，树莓和樱桃为例，对于这三个类群而言我们很容易通过果实将从草莓和其他两者区分开来：虽然三者都是核果，但樱桃的果实是单生的，而黑莓和树莓的果实是由许多聚合在一起的小而肉质的果实。这时我们便可以通过果实的信息推断黑莓和树莓具有更近的亲缘关系，与樱桃的相比较，两者具有更近的共同祖先（common ancestor）。那么这样子：我们即可认为黑莓与树莓为姐妹类群（sister group)。更具我们所推断的亲缘关系，我们可以绘制出如图一所示的系统发育关系图，也就是我们常说的系统发育树（phylogenetic tree）。
