一、Linux介绍

1、linux是一个操作系统
2、应用场景：主要是服务器（supercomputer）
3、界面：命令行，而非图形界面
4、目录结构：每个用户最高访问宿主目录，宿主目录在home目录下

二、生信为什么需要linux

组学数据分析包括：
1、上游分析（linux）：原始数据获取和处理，计算量大，服务器上进行。
2、下游分析（R语言）：差异分析、富集分析、可视化等。

1、安装xshell软件，并且登录服务器。

image.png

2、登录成功后可以输入命令pwd查看，时间久了会掉线

pwd 显示当前路径
mkdir 创建空目录
ls 显示列表(不管是目录还是文件)
cd project/ # 进入该文件
cd - # 返回刚才的目录
cd ~ # 返回加目录
cd ../ # 返回上级目录

vi # 新建脚本或者文本文档（文本编辑器）
vi hello_world.txt
1）按”Insert“按钮，进入可编辑模式
2）编辑文档
3）按”Esc“退出编辑模式
4）左下角输入:x，即可自动保存并退出
5）通过ls 查看新建文档

cat hello_world.txt #查看并直接将文本的全部内容输出到屏幕
head -n 3 hello_world.txt # 太长文档只看前10行

cp hello_world.txt new_file.txt # 复制file1，命名为file2
cp -r tmp tmp2 # 复制文件夹tmp，命名为tmp2

mv file 路径 # 移动file到某路径下
mv new_file.txt ../
mv file1 file2是将file1重命名为file2
mv new_file.txt douhua.txt

rm # 删除目录
rm -r #删除目录