引物设计

以ZFAND4为例:
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/里选择Gene,搜索ZFAND4:

ZFAND4

选择跟人相关的(第一个,Homo sapiens)。
向下拉,看到有四个不同的isoform:


isoform

点击其中一个isoform,复制全部序列到snapgene,命名为(Homo sapiens zinc finger AN1-type containing 4 (ZFAND4), transcript variant 2, mRNA):


全部序列
snapgene

把四个isoform全部保存:


四个isoform

点击第一个进去,进行编辑:
首先在NCBI GENE里找到CDS(编码区),复制,ctrl+F到snapgene里,Features-add feature,命名为CDS:


CDS

点击左下角的show aligements,把其他三个isoform复制进来:


SE

这里的红色就代表外显子跳跃事件,我们将外显子跳跃事件的碱基复制,add feature为exon skipping,发现这个外显子跳跃在CDS之外,说明这个SE事件不会影响编码蛋白的改变。

再做STAG2的,前边步骤都相同,ZFAND4的SE事件在CDS内,将SE事件标注为绿色:


SE

将exon的序列,exon前边100-200bp的序列以及exon后边100-200bp的序列copy到primer3网站上,格式为:exon前边100-200bp的序列[exon]exon后边100-200bp的序列:


primer3

点击pick primers,可以得到前边和后边的两个引物ccaaaagattacggcctgag和ccacaattggctcttcatca:
two primers

将他们copy到snapgene,点击Primers-add primer,命名为HSA STAG2 ISO-F:


HSA STAG2 ISO-F

同时后面的引物命名为HSA STAG2 ISO-R。
将引物名称和序列保存到表格:


引物

上述是涉及可变剪接的引物设计,如果是某个分子的引物设计:
选择isoform1(主要的isoform),将分子的CDS区copy到primer3,把下图product size ranges里的150-250和100-300去掉。


primer3
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