eggnog-mapper是一个有较多依赖环境的软件，我们在安装时可以新创建一个小环境来放置它。
#创建一个小环境
$conda create -n eggnog-mapper python=2
#查看存在的小环境名称
$conda info -e
#激活小环境
$source activate eggnog-mapper
(eggnog-mapper) #激活之后，用户名前边会增加一个这个
#安装软件（软件名一定要正确）
$conda install -c bioconda eggnog-mapper
#定义好eggnog-mapper 依赖的数据库位置，最好是一个公共的位置，避免重复下载
$conda env config vars set EGGNOG_DATA_DIR=/mnt/XXX/database/eggnog_data_dir
To make your changes take effect please reactivate your environment
#提示你重新激活
$conda deactivate && conda activate eggnog-mapper
#查看是否设置成功
$conda env config vars list
下载数据库
Index of /download/emapperdb-5.0.2/
http://eggnog5.embl.de/download/emapperdb-5.0.2/
#转到eggnog_data_dir
$cd /mnt/XXX/database/eggnog_data_dir
#eggnog.db.gz、eggnog.protei,ns、dmnd.gz,mmseqs.tar.gz 这三个文件太大了，后台下载
$screen -S eggnog.db.gz
$wget -c http://eggnog5.embl.de/download/emapperdb-5.0.2/eggnog.db.gz
ctrl a+d
$screen -S eggnog.proteins.dmnd.gz
$wget -c http://eggnog5.embl.de/download/emapperdb-5.0.2/eggnog_proteins.dmnd.gz
ctrl a+d
$screen -S mmseqs.tar.gz
$wget -c http://eggnog5.embl.de/download/emapperdb-5.0.2/mmseqs.tar.gz
ctrl a+d
$wget -c http://eggnog5.embl.de/download/emapperdb-5.0.2/eggnog.taxa.tar.gz
$wget -c http://eggnog5.embl.de/download/emapperdb-5.0.2/pfam.tar.gz
#解压
$gunzip eggnog.db.gz eggnog_proteins.dmnd.gz
$tar -zxvf eggnog.taxa.tar.gz mmseqs.tar.gz pfam.tar.gz
#使用
emapper.py -i FASTA_FILE_PROTEINS -o prefix_output
