conda创建小环境之eggnog-mapper安装

eggnog-mapper是一个有较多依赖环境的软件，我们在安装时可以新创建一个小环境来放置它。

#创建一个小环境

$conda create -n eggnog-mapper python=2

#查看存在的小环境名称

$conda info -e

#激活小环境

$source activate eggnog-mapper

(eggnog-mapper) #激活之后，用户名前边会增加一个这个

#安装软件（软件名一定要正确）

$conda install -c bioconda eggnog-mapper

#定义好eggnog-mapper 依赖的数据库位置，最好是一个公共的位置，避免重复下载

$conda env config vars set EGGNOG_DATA_DIR=/mnt/XXX/database/eggnog_data_dir

To make your changes take effect please reactivate your environment

#提示你重新激活

$conda deactivate && conda activate eggnog-mapper

#查看是否设置成功

$conda env config vars list

下载数据库

Index of /download/emapperdb-5.0.2/

http://eggnog5.embl.de/download/emapperdb-5.0.2/

数据库

#转到eggnog_data_dir

$cd /mnt/XXX/database/eggnog_data_dir

#eggnog.db.gz、eggnog.protei,ns、dmnd.gz,mmseqs.tar.gz 这三个文件太大了，后台下载

$screen -S eggnog.db.gz

$wget -c http://eggnog5.embl.de/download/emapperdb-5.0.2/eggnog.db.gz

ctrl a+d

$screen -S eggnog.proteins.dmnd.gz

$wget -c http://eggnog5.embl.de/download/emapperdb-5.0.2/eggnog_proteins.dmnd.gz

ctrl a+d

$screen -S mmseqs.tar.gz

$wget -c http://eggnog5.embl.de/download/emapperdb-5.0.2/mmseqs.tar.gz

ctrl a+d

$wget -c  http://eggnog5.embl.de/download/emapperdb-5.0.2/eggnog.taxa.tar.gz

$wget -c  http://eggnog5.embl.de/download/emapperdb-5.0.2/pfam.tar.gz

#解压

$gunzip eggnog.db.gz eggnog_proteins.dmnd.gz

$tar -zxvf eggnog.taxa.tar.gz mmseqs.tar.gz pfam.tar.gz

#使用

emapper.py -i FASTA_FILE_PROTEINS -o prefix_output