View topic - pedigree file in spatial analysis | Forum | VSN International

Christine Hansen Posted: Mon May 17, 2010 5:50 pm

【问题1】在自由授粉（op）子代试验的空间分析中，由于数据集需要完整的矩形网格，因而可能有许多缺失值的时候时，如何在谱系文件中指定缺失值？ 我尝试使用!REPEAT限定符将个体、母本和父本全部指定为0。 这是有效的，【问题2】但使用op单株模型产生的亲本育种值并不是使用op家系模型产生的预期的亲本blups的两倍，该用哪个？

Arthur Posted: Fri May 21, 2010 3:30 am

由于没有与“缺失”树相关联的数据，因此不需要在谱系文件中为这些树提供树身份。他们确实需要数据文件中的身份，我会填写谱系文件中出现的任何身份（例如隐含的0）【意思是对于这些空缺用0或NA，只要有坐标信息就行】。
第二部分似乎与第一部分无关，似乎在比较两个模型。 在拟合单个树模型时，使用空间误差模型，还必须包括独立的树效应，如!r tree ide(tree)。
模型之间的差异在于空间误差试图模拟GCA模型中的特殊配合力。 由于模型之间的残差结构不同，遗传部分也会有所不同。 只有用最简单（非空间）的模型才能比较这两个模型。【Arthur并没有直接回答问什么单株模型的亲本育种值不是家系模型亲本育种值的2倍，只是说你不能拿2个残差结构不同的模型进行比较。经过验证，单株模型的亲本blup确实是亲本模型的2倍】