Day6-黄芳芳R包

R语言当中的包主要来自两个地方:

官方网站的资源库CRAN
bioconductor上的包
repos:代表镜像,option()$repos表示将Rstudio配置为repos=后面的镜像

R包的下载步骤:

  1. 设置镜像(使用国外网站下载R包
    同时使用两种镜像:
    options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
    options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
  2. 下载安装包:
    install.packages(“包”)
    BiocManager::install(“包”)
  3. 加载:
    library(包)
    require(包)

一个安装流程:

加载安装
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
install.packages("包")或者BiocManager::install(“包”)
library(包)或者require(包)

通过配置一个.Rprofile文件,可以在打开R的时候自动运行需要重复载入的代码。

  1. file.edit()编辑文件:file.edit('~/.Rprofile')回车打开Rprofile文件
    image.png
  2. 输入需要每次打开都运行的代码

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #对应清华源
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") #对应中科大源
(当然可以换成其他地区的镜像)

  1. 保存,重启,运行options()repos和options()BioC_mirror,结果
    image.png

    表示已经配置好了
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