conds <- factor( rep("samples", times=ncol(countsTable)) )
cds <- newCountDataSet( countsTable[setdiff(rownames(countsTable), tailrows),], conds )
cds <- estimateSizeFactors( cds )
countsNorm <- counts( cds, normalized=TRUE )
countsNorm <- round(countsNorm, digits=1)
write.table(countsNorm, file=file.path(res.path, paste(tumorname, ".normalized.count.all.features.txt", sep="")), row.names=T, col.names=NA, sep="\t", quote=F)
DESeq2 normalized
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