前文说到Rmarkdown是一个很好的文本化编程与写作工具,众所周知,在python社区中,jupyter和ipython也是可以做到交互式的编程体验;其实jupyter notebook中同样可以写R,以下记录自己在服务器中配置R内核的过程,所有教程均来自于网上教程;
关于服务器中jupyter的安装配置与连接,可以参照我的前文。
实验环境:centos7
1.首先需要配置依赖库libzmq
ubuntu用户应该可以直接 :
sudo apt-get install libzmq3-dev
作为centos用户,我需要先安装libzmq,此处参考教程http://zeromq.org/docs:source-git
git clone git://github.com/zeromq/libzmq.git #从github上clone源代码,目录得自己提前cd好
cd libzmq
./autogen.sh
./configure # add other options here
make
make check
sudo make install
2. 在R中安装相关包
参照网页上的指导 : https://irkernel.github.io
此处我按照教程咋centos上进行安装,在命令行中用root
用户进入R:
install.packages(c('crayon', 'pbdZMQ', 'devtools'))
devtools::install_github(paste0('IRkernel/', c('repr', 'IRdisplay', 'IRkernel')))
# 允许所有用户使用
IRkernel::installspec(user = FALSE)
3. 使用
以上步骤结束之后,就可以顺利使用了
由于我是在本地使用服务器端的jupyter,因此还是按照前文的方式:
可以看到可以选择R内核了
使用过程中,方式与R还有jupyter一样:
4.总结
就目前的使用而言,Rmarkdown和jupyter notebook各有优势,jupyter的优势在于交互式操作更强,虽然R-studio最新的notebook号称可以实时交互,但是说实话并没有那么好使;但是R-studio里面的代码和文本写作更加方便一些,chunk里面可以有很多options进行设置;
比如可以设置 echo=F,eval=F,message=F,尤其是message,可以使我们不看到一些无用的报错信息和warning。
一言以蔽之,合适的才是最好用的;
以上文字仅仅是本人用来记录自己学习过程中的点滴