拜上帝教团营期间，洪秀全等人具体制定了五大军事组织制度，下发各地组织，指导教众的组织活动。
拜上帝教金田大营
五大管理组织制度分别是：
第一、男女分营
古代任何时期，造反都是要诛九族的，拜上帝教的成员为了断绝后顾之忧，大多都拖家带口参加组织。为了最大限度发挥每个人的能力，拜上帝教实施男女分营，夫妻一周只允许约会一次，目的是禁欲节省体力，集中精力一起对付敌人。此外，拜上帝教还将各类人员归类，进行有效的资源配置。青壮年男女编为“牌面”，直接参与作战。五十岁以上、十五岁以下的男性编为“尾牌”，负责军队后勤工作，老弱妇女则编为“女馆”，管理后勤。对于有技术特长的人员编入“诸匠营”或“绣锦营”，制作军需物资。
第二、建立军制
拜上帝教的军制沿袭周礼，五人为伍，五伍为两，四两为卒，五卒为旅，五旅为师，五师为军。军是独立作战单位，每军设军帅一名，每军分前后左右中五营，每营又设师帅一名；每师再分前后左右中五营，每营设旅帅一名；旅帅又分前后左右中五营，每营下辖五个卒长，每个卒长统领东西南北四个两司马，每个两司马统领刚强、勇敢、雄猛、果毅、威武五个伍长，每个伍长又管理五个伍卒（即五个士兵），伍长是对敌作战的最小单位。这样算下来，每个军理论上的人数是一万两千五百人，但由于当时的兵源尚不充足，所以洪秀全的军队建制并没有满员。
第三、 严明军纪
洪秀全制定了训练军队的五条军令，交由冯云山执行。这五条禁令是：一遵条例；二别男行女行；三秋毫莫犯；四公心和傩，各遵头目约束；五同心合力，不得临阵退缩。五条军令的严格执行，保障了洪秀全的队伍极强的凝聚力和战斗力。
第四、蓄发改装
清廷统治中原后，给汉人下了“留头不留发，留发不留头”的严格管制，强迫汉人绝对遵从他们的习俗。为了表示对抗清廷的决心，洪秀全的队伍全部蓄发，誓死对抗清廷的压迫和统治，清廷因此蔑称太平军为“长毛”。
第五、建立圣库
拜上帝教建立圣库（类似国库），所有拜上帝教的成员都将自己的财产上交组织统一管理分配。圣库制度相当于战时共产主义政策，将物资统一调度，平均分配，保障每个人得到最基本的物质所需，保证每个人应有的战斗力，为长期战斗做好充分的物资准备。
拜上帝教古营盘大门
制度的完善，为洪秀全的队伍奠定了坚实的组织基础，但要反抗清廷光有软件设施还不行，硬件设施也要跟上。要跟清廷的正规军作战，最起码也要冷兵器，光是种地用的锄头铁锹等农具是无法成气候的。拜上帝教教众已上万，要打造大量的兵器并且不被地方政府发现是有困难的，必须选择一个锻造材料充足而隐蔽的地方才行。家财雄厚的韦昌辉正好可以解决这个问题。1850年初，韦昌辉家悄悄搭起了十几座大铁炉子，开始夜以继日地锻造兵器，像太平军常用于抢夺敌人兵器的特制三叉戟等。为了掩人耳目，韦昌辉家还养了几种家禽，数量不少，不管白天晚上，家禽声夹杂着打铁声，热闹一片。
古代铁匠
韦昌辉等人将打造好的兵器偷偷沉入村背后的犀牛潭中，一来是避免兵器多后信息被泄露，二来可以在起义当天可以立刻到指定地点拿兵器，一气呵成，免得夜长梦多。到此为止，洪秀全的这个组织已经为举旗反清做好了充分的准备。
