王莽的暴政加速农民起义的爆发。樊崇在城阳国的莒县聚众一百多人起义。他自号"三老",率部转战泰山,不断袭击官军,队伍发展到一万余人。不久,琅邪人逄安、东海人徐宣等相继起义,率队归附,前后不足一年时间,樊崇领导的起义队伍就扩大到数万人。
他们规定简单明了的纪律:"杀人者死,伤人者偿创"。他们也没有繁文缛节,"以言辞为约束,无文书、旌旗、部曲、号令",所定官位、爵号也沿用西汉时期最低级的地方小吏的名份,"其中最尊者号三老,次从事,次卒史,泛相称曰巨人"。表现农民起义的纯朴而简单的目的。
樊崇起义之后,与王莽探汤侯田况、太师羲仲景尚几个都大国几次战争,杀了对方有一万多人。王莽为了报复,让王匡和廉丹带了10多万大军围剿起义军。跟樊崇两军在成昌决战。
因为人数太多,怕无法识别对方,樊崇让士兵们把眉毛染成红色,以便在对战中认清敌人,这就是赤眉军。当时赤眉军军纪很严明,而王莽的官军却到处掳掠百姓,百姓的心自然向着赤眉军,两军交战后,王匡、廉丹的官军还是被打得四处溃逃,死伤无数。
赤眉军乘胜猛追,在无盐再次激战,并杀死廉丹,把王匡赶跑,歼灭敌军10多万。接着,樊崇挥师南下,连攻彭城、沛郡、汝南、陈留等地,连连战胜。然后向东下鲁城,向西破濮阳。总共5年,樊崇率带领赤眉军艰苦奋战,消灭了王莽新朝的主力部队,为推翻新莽王朝做出了贡献。
建武三年(公元27年)正月,以佯败诱敌之计败邓禹、冯异军于湖县(今河南灵宝西北)。三月,樊崇率军进抵湖(今河南灵宝境)、崤底(今河南渑池境),遭到刘秀派遣的大将邓禹、冯异的接连攻击,损失惨重。
接着,在宜阳又遭到刘秀亲自率领的大军的截击,大部被歼,刘盆子、樊崇等被迫投降,赤眉军的反抗斗争,也因此而告失败。同年,樊崇和赤眉军首领逄安等再度起义,结果失败被刘秀杀害。