《X战警3》（以下简称《X3》）使用了双片头加双彩蛋的模式，玩儿得还是很溜的，这种模式被漫威的MCU完全借鉴了过来。第一段片头是直立行走的查尔斯和其男友艾瑞克（大雾）一起去给琴发录取通知书，影片中运用了CG技术使二人返老还童20岁，效果见下图。
这一手法其实在MCU中也被经常用到，比如最近的一次《美队3》中，托尼在MIT演讲时用的全系影像。
第二段片头是华伦（天使）小时候将卫生间门反锁，把因变异而长出的翅膀（羽毛）剪掉，被父亲发现，于是引出了《X3》的整个故事。
由于上一部中琴的去世，导致镭射眼意志消沉，于是金刚狼当起了泽维尔学校的代课老师（镭射眼在去阿卡利湖之前，对金刚狼说：“不是所有人都像你一样愈合得那么快”）。金刚狼和暴风女在danger room（危境训练室）里带着钢力士、小淘气、冰人、幻影猫做“防守练习”，敌人是模拟的哨兵机器人（还没到《逆转未来》那么完美，充其量也就相当于沙鲁的第一形态）。训练室里的这场战斗和最终决战几乎是对称的，防守方同样是六个人，只不过小淘气换成了“野兽”汉克；决定胜负的“组合技”都是钢力士将金刚狼扔出去；在训练中金刚狼和暴风女出现了分歧，暴风女表示战斗的时候应该团队合作，并且这是防守训练，指责金刚狼擅自发起进攻跟哨兵solo，金刚狼则认为“进攻是最好的防守”，而片尾时，二人达成共识，互相认可对方的主张。
顺带提一句暴风女的头型，真是一部比一部短，在影片中还拿这个点在开玩笑，暴风女对野兽说“我喜欢你的新发型”，野兽回了句：“You too.”
本部故事主线是人类发现了一个变种人小孩吉米（漫画中是Leech水蛭，能力类似），他能在一定范围内使变种人能力失效。于是上文提到的华伦沃辛顿二世开始了基于吉米的生物实验，用以提取能“治愈”
变种人的药物（话说除了小淘气，哪有变种人会自愿接受“治疗”啊）。魔形女估计是在变身为崔斯克的过程中接近了吉米导致现形而被捕，此处的崔斯克应为《逆转未来》中小恶魔扮演的崔斯克的儿子。
在《X2》中，魔形女从塑料监狱中把万磁王救出来，这一部换万磁王救魔形女了。话说军方还好意思美其名曰“移动监狱”，你开着个铁皮卡车满世界跑，是生怕万磁王救不出去吧？谁给你的勇气，梁静茹吗？万磁王在变种人兄弟会中收了一票小弟，包括夜行女、刺猬、弧光（电影错误翻译为“震波女”，在此纠正，这是错误翻译，《X3》电影中出现的应为弧光，正如《X1》中将剑齿虎翻译为大钢牙一样，导致观众误解为两个不同角色）、灵蝶（没错，就是《天启》四骑士中的那个灵蝶）等，其中夜行女除了有快速移动的能力外，还能感知变种人的能力和等级，万磁王就是靠她的能力找到了关押瑞雯的移动监狱。
魔形女用身体为万磁王挡下了士兵射出的药剂（老万人格魅力可见一斑），失去超能力，老万平静地说“你救了我”，“你不是我们中的一员了”，头也不回地离开。虽然解救魔形女的行动失败了，但是老万也招募到了分身人和红坦克。红坦克在电影中被削弱太多了，漫画中的红坦克可是能跟浩克刚正面的。
移动监狱被劫这一事件标志着“cure”（解药）不仅作为药物来号召变种人自愿接受治疗，同时也作为武器（瑞雯被药物枪击中）存在，这与“野兽”汉克的主张冲突，所以他提出了辞职，回到泽维尔学校。同时也标志着万磁王一派为了自保而开始反击。
万磁王在三部曲中一直都是利用他人完成自己的目的，第一部中利用小淘气的能力，第二部是利用教授和幻象大师，第三部是琴。当他从夜行女处得知有一个“5级变种人”（电影宇宙专用划分）时，立即想到20年前与查尔斯一同拜访琴的经历。接下来就是影片第一段高潮——琴暴走杀死X教授。
与《金刚狼3》中不同的是，罗根看到X教授惨死，发疯似的扑向X24，不停地插不停地插（捂脸），至少他还能泄愤；而《X3》中杀死查尔斯的是狼叔深爱的琴，他只能静静地跪在教授的轮椅前，还能怎么办？艾瑞克作为查尔斯的知己，他心中的悲痛不会比罗根少，但他毕竟是干大事的人，第一时间带走了情绪不稳定的琴。后来进攻恶魔岛的时候，他也说过“让小卒先上”。可见所有人都是他达成最终目的的棋子，细心的观众可能已经注意到了，基本上每一部中都会有万磁王下国际象棋的镜头，艾瑞克和查尔斯之间的“下棋梗”以后再说。综合评价，万磁王的人物形象跟演义中的曹操重合度很高。
小插曲：这次重刷《X3》竟然有意外惊喜，金刚狼想要去找回琴的时候，也有一段森林大战，不过这次他不需要嗑药了。
算上华伦沃辛顿三世，天启四骑士就凑齐了，不过天使在本片中没有《天启》中那么暴力，也没进化成天使长，戏份略少，有理由怀疑是制片方拉本福斯特来溜粉的。不过有一处很讽刺的地方，华伦沃辛顿二世费尽心血研制出的药物，最想治愈的就是天使，但是天使拒绝治疗离开了；也正是因为天使没有接受治疗，所以后来沃辛顿二世被从楼上扔下来的时候天使才能救下他。
关于变种人的等级划分，其实漫画中并不存在电影中提到的1-5级，甚至连alpha/beta/delta/epsilon/gamma都没有特别明确的定义，往往出处散乱不连贯，很多都是漫迷们自己推理的结果。电影中提出的5级划分其实很合理，能让没有看过美漫的观众迅速接受设定，只需要get到“万磁王和X教授很强，但最强的是琴格蕾”就OK了。实际上漫画中出现最多的等级就是omega级，除了凤凰之力的宿主琴以外，影视作品中出现的omega级变种人还有冰人，白皇后（对， 没错，就是《第一战》里会变钻石形态的白皇后，尽管她并不强，但她确实曾经被哨兵认为是omega级），以及现在正在热播的大群（X教授的儿子）等，其实像冰人和白皇后就属于比较弱的欧米伽了。
片尾双彩蛋，第一个是艾瑞克又又又在下棋，当艾瑞克尝试性地缓缓伸出手时，“车”轻微地动了一下，证明“解药”的药效并不是永久的。至此影片戛然而止，这一拍摄手法比《盗梦空间》早了4年。至于为什么棋子是金属材质，因为很多旅行携带的棋盘都是带有磁铁的，防止旅途颠簸使棋子移位，所以棋子就被制成金属的了。
如果说第一个彩蛋是一个惊喜的话，那么第二个彩蛋简直可以让观影厅里的粉丝们尖叫起来，不枉他们看了6分钟的片尾字幕。正片中X教授曾经在课堂上讨论过，将一个癌症病人的意识转移到脑功能丧失但身体健全的人身上，是否合乎道德规范，但是没有当堂给出结论，中途因被打断而提前下课。彩蛋中Moira走进医护室，躺在床上的“脑残”患者虚弱地说了声“Hello, Moira”，莫拉也第一时间意识到，查尔斯回来了。BTW，这个莫拉和《第一战》中查尔斯的特工女友是同一个人。
P.S. 即便是欧米伽级的变种人都逃不出X教授的设定：“杀我者必死”（2333）。X24死了，凤凰女也死了，这简直就是狼人杀里的猎人啊！不过琴自己的人格一定是在压制着黑凤凰，不然金刚狼早领盒饭了。
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