# -*- coding:utf-8 -*-

import sys

def run(dirs_path):

    f = open(dirs_path ,'r')

    name = dirs_path.split('/')[-1].split('.')[0]

    w = open('/Users/apple/ERV/'+name+'.txt','w')

    w.write('chr'+'\t'+'pos'+'\t'+'N'+'\t'+'X'+'\n')

    for line in f:

        d = line.strip().split('\t')

        col_3 = int(d[-2])+int(d[-1])

        w.write(d[0]+'\t'+d[1]+'\t'+str(col_3)+'\t'+d[-1]+'\n')

    f.close()

    w.close()

if__name__ =='__main__':

    dirs_path = sys.argv[1]

    run(dirs_path)

这里面唯一需要修改的就是 w = open('/Users/apple/ERV/'+name+'.txt','w')这里，你输入自己的路径就行，其他不动。

用的时候你先把这段代码复制成自己的脚本，后缀.py，比如convert.py

然后用的时候就，python convert.py test.bismark.cov（就是你需要转换的文件）

代码改自：https://zhuanlan.zhihu.com/p/109261289