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2020年1月的4分左右的生信文章，发表在[Front Oncol.]。期刊收费 A类文章US$ 2,490
摘要
由于目前尚无治愈性疗法，因此对于转移性卵巢癌和基底样乳腺癌的新疗法存在未满足的需求。免疫疗法已在多种实体瘤中表现出活性，但在确实存在预先激活的免疫状态的肿瘤中尤其如此。在这项工作中，我们旨在鉴定可以区分免疫激活的肿瘤并预测对卵巢和基底样乳腺癌的治疗反应以及它们与肿瘤免疫浸润水平的关系的生物标志物。我们发现在晚期卵巢癌中，IFNG，CD30，CXCL13和PRF1的联合表达与更好的总生存期（OS）相关。
使用来自TCGA的独立数据集证实了这一点。有趣的是，我们观察到该基因组合还预测了具有低突变负荷的卵巢肿瘤的更好预后，该突变负荷通常对免疫疗法的反应较小。 IFNG，CD30，CXCL13和PRF1的表达与肿瘤内免疫浸润液（CD8 + T细胞，树突状细胞和嗜中性粒细胞）的水平升高有关。此外，我们发现这些基因标记还与基底样乳腺癌中的OS升高和肿瘤免疫浸润（B细胞，CD8 + T细胞，CD4 + T细胞，嗜中性粒细胞和树突状细胞）水平升高相关。总之，我们的分析确定了具有识别免疫激活的卵巢癌和基底样乳腺癌的潜力的基因特征，这些癌症的预后良好，并且在低突变负荷的肿瘤中具有显着的预测能力。提出的结果导致提出了一个假设，但需要前瞻性临床研究来支持潜在的临床应用。
实验方法
- 验证的转录组免疫特征
使用了先前描述的三个基因集，即IFN，扩展的免疫基因标记，细胞毒性T淋巴细胞（CTL）标记以及HLA-A和HLA-B基因作为 他们已将其与预后相关联，以研究组成不同特征的基因与卵巢癌和基底样乳腺癌患者临床结果的关系。
2.分析（KM）绘图的结果分析
KM Plotter在线工具（http://www.kmplot.com）是一个公开可用的数据库，用于研究已验证的免疫特征中不同基因的表达与卵巢癌患者临床结局之间的关系。
还挺好用
3.通过TIMER估计选择的基因的表达与肿瘤浸润免疫细胞的关联
通过肿瘤免疫估计资源（B细胞，CD4 + T细胞，CD8 + T细胞，树突状细胞，巨噬细胞和嗜中性粒细胞）与所选基因表达之间的关联进行分析 TIMER）平台，这是一个网络服务器，其中包含TCGA中提供的10,897种来自不同癌症类型的样本。（https://cistrome.shinyapps.io/timer/
）
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结果分析
1.免疫特征选择
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2.基于来自四个免疫特征的基因表达，对卵巢癌I + II和III + IV期进行预后生存分析
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3.通过基因组合的方式预测卵巢癌III和IV期总生存期（OS）的关联
发现基因组合是否能够以更高的强度预测存活率
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4.基因组合对总阶段的卵巢癌患者预测和低突变负荷的卵巢肿瘤生存率的关系
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5.IFNG，CXCL13，CD30和PRF1的表达与肿瘤免疫浸润的相关性
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发现IFNG的表达水平与CD8 + T细胞的存在有关（part.cor = 0.311）和树突状细胞（part.cor = 0.203）; CXCL13的表达水平与CD8 + T细胞（part.cor = 0.339），CD4 + T细胞（part.cor = 0.308），树突状细胞（part.cor = 0.358）和中性白细胞（part。 cor = 0.371）；最后，PRF1的表达水平与CD8 + T细胞（部分cor = 0.485），树突状细胞（部分cor = 0.358）和中性粒细胞（部分cor = 0.357）的浸润水平相关（图4） 。对于CD30，我们发现其表达水平与所研究的任何人群（包括B细胞）的免疫浸润水平均无关联（图4）。
6.基因表达对基底样乳腺肿瘤的预后分析和免疫浸润水平影响
image.基底样乳腺肿瘤的预后分析和免疫浸润水平png
