··· shell

wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.10.0/sratoolkit.2.10.0-ubuntu64.tar.gz

​

解压软件

```shell

tar xzvf sratoolkit.2.10.0-ubuntu64.tar.gz

转到这个目录下，并查看里面的文件

cd sratoolkit.2.10.0-ubuntu64

打开程序所在目录

cd bin

配置环境变量

echo "export PATH=\$PATH:\$HOME/local/app/sratoolkit.2.10.0-ubuntu64/bin" >> ~/.bashrc

source ~/.bashrc

转到 lecture 文件夹下

mkdir -p ~/edu/lec4

cd ~/edu/lec4

建立prefetch命令

sudo apt install sra-toolkit

获取文件

prefetch SRR1553610

文件存储位置

ls ~/ncbi

使用find工具查看

find  ~ncbi

cat *.fastq | grep @SRR | wc -l