无参转录组分析-Trinotate 软件安装和数据库部署

测试发现，使用 bioconda 安装 Trinotate 软件包会改变目录结构，所以选择手动安装。

安装依赖软件

Trinotate 依赖的软件可以选择使用 bioconda 自动化安装。bioconda 的使用参考课程《生物信息软件安装》。

bioconda 在国内使用可能会很慢，需要翻墙。我用的是付费软件多态(不是广告啊，跟我没关系)。

signalP、tmhmm、RNAMMER 是可选软件，需要使用学术邮箱注册才可以下载。我们先跳过。安装Trinotate下载地址：https://github.com/Trinotate/Trinotate/releases

部署数据库

部署数据库需要五六个小时，如果你使用的是 GenekServer，可以直接使用我部署好的，路径是/home/zxd/database/Trinotate

自己部署，请按照如下步骤

写如下代码：

TRINOTATE_HOME=/home/genektv/software/Trinotate-3.0.2

$TRINOTATE_HOME/admin/Build_Trinotate_Boilerplate_SQLite_db.pl Trinotate20170505

因为构建数据库需要较长时间，使用nohup sh Build_Trinotate_db.sh &运行脚本。

在运行过程中，首先会从网上下载几个数据库。下载地址在Build_Trinotate_Boilerplate_SQLite_db.pl的代码中可以看到。

17 ## Resources:

18 my $SPROT_DAT_URL = "ftp://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_sprot.dat.gz";

19 my $EGGNOG_DAT_URL = "http://eggnogdb.embl.de/download/latest/data/NOG/NOG.annotations.tsv.gz";

20 my $GENE_ONTOLOGY_DAT_URL = "http://purl.obolibrary.org/obo/go/go-basic.obo";

21 my $PFAM_DAT_URL = "ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Pfam/current_release/Pfam-A.hmm.gz";

22 my $PFAM2GO_DAT_URL = "http://www.geneontology.org/external2go/pfam2go";

如果运行构建数据库过程中出错，通常是下载数据网速太慢导致的，可以多试几次。