1902年，四川通省大学堂合并四川中西学堂和尊经书院后组建，仿京师大学堂成例，是中西结合、文理兼备的近代综合性的高等学校。其诞生标志着传统的古代书院和作为四川近代高等教育代表的四川中西学堂，向比较完善的近代高等教育的过渡和完善。同年，规定除京师大学堂外，各省的大学堂一律改称高等学堂，于是，四川通省大学堂又改名为四川省城高等学堂。1903年锦江书院并入。
四川省城高等学堂学科分为正科三类：正科一部（文科）包括经学（主要为中国哲学）、政法、文学、商科。正科二部（理科）包括格致（主要为数、理、化）、工科、农科。正科三部（医科）包括医学。学制都是四年。正科就是本科。由于条件限制，医科未能正式开办。此外，还有一些根据不同需求和层次设置的科类，如速成师范科、优级师范科、普通科（即预科）、测绘学堂、铁路学堂、半日学堂、附设中学堂等。
四川省城高等学堂是到国外聘请外籍教师最早的学校之一，还被授权主管四川省的留学生事务。
