王敦到了石头城，准备进攻刘隗。杜弘对王敦敦说：“刘隗死士众多，不易可克，不如先攻石头。周札刻薄寡恩，士兵不为他所用，攻之必败，周札一败，刘隗自己就撤走了。”王敦听从，以杜弘为前锋，攻打石头城，周札果然开门迎接杜弘入城。王敦占据石头。叹息说：“我再也不能做出被后世赞扬为盛德的事了！”谢鲲说：“何至于此！只要从今天开始，每一天都忘记前一天的事，重新开始罢了。”（王敦的话，是撕破脸了，准备造反了。谢鲲的意思，只要大家不计前嫌，君臣之间的猜疑还可以恢复。）
皇帝命令刁协、刘隗、戴渊率众攻打石头城，王导、周顗、郭逸、虞潭等三道出战，刁协等兵皆大败。太子司马绍听闻，想要亲自率将士决战；登车将出，中庶子温峤拉住缰绳进谏说：“殿下是国之储君，怎能以身轻天下！”抽剑斩断缰绳，太子才停止。
王敦坐拥大兵，不入朝进见，放纵士卒劫掠，宫庭及官府官员都逃散一空，惟有安东将军刘超按兵守卫，与侍中二人侍奉在皇帝身边。皇帝脱下军装，穿着朝服，自言自语说：“想要坐我这位置，就早说！何至于把百姓害到如此地步！”又遣使对王敦说：“公若不忘本朝，就此息兵，则天下尚可共安。如其不然，朕当回琅邪国，为贤人让路。”
刁协、刘隗既败，一起入宫，在太极殿东阶进见皇帝。皇帝拉着刁协、刘隗的手，流涕呜咽，劝他们逃走避祸。刁协曰：“臣当守死，不敢有贰。”帝曰：“如今事态紧逼，怎么能不走！”于是下令给刁协、刘隗人马，让他们自己安排。刁协年老，不堪骑乘颠簸，又一向对人没有恩惠，招募随从，大家全都推诿拒绝，走到江乘，为人所杀，送首级给王敦。刘隗逃奔后赵，官至太子太傅而卒。
皇帝令公卿百官到石头城见王敦，王敦对戴渊说：“前日之战，你是不是还有余力没使出来啊？”戴渊说：“岂敢有余力，实在是力量不足而已！”王敦曰：“我今日之举，天下人认为如何？”戴渊曰：“看表面的认为是逆，体会到您的诚心的认为是忠。”王敦笑道：“你真是会说话”又对周顗说：“伯仁，你辜负了我！”周顗曰：“您驱动战车，冒犯皇家，下官亲率六军，不能完成使命，让王师奔逃败北，所以辜负了您。”
三月十八日，大赦。任命王敦为丞相、都督中外诸军、录尚书事、江州牧，封武昌郡公；王敦一律推辞不受。
当初，长安覆没，四方皆劝进于司马睿。王敦想要专擅国政，认为司马睿年长，难以控制，想要另外选择年幼的国君，王导不听。等到王敦攻克建康，对王导说：“不听我的话，差点灭族。”
王敦认为太子有勇略，为朝野所向，想要诬之以不孝之罪，将他废黜。于是大会百官，问温峤说：“皇太子有什么可称道的品德？”声色俱厉。温峤曰：“对事物有洞察，有远见卓识，这不是一般浅薄的人所能了解的。从礼仪来看呢，可以说是孝子吧！”众人都认为温峤说得对，王敦的阴谋于是被阻止。
皇帝召见周顗于广室殿，对他说：“近日大事，二宫无恙，诸人平安，大将军王敦心满意足了吗？”周顗说：“二宫诚然如陛下所言，平安无事，臣等尚未可知。”护军长史郝嘏等劝周顗避开王敦，周顗说：“我备位大臣，朝廷丧败，怎么能逃到荒山野岭苟且偷生，或者外投胡人、越人呢！”
王敦的参军吕猗，曾经任尚书郎，性情奸谄，戴渊任尚书，厌恶他。吕猗对王敦曰：“周顗、戴渊，皆有高名，足以惑众，近来听他们说话，毫无愧色，明公如果不除掉他们，恐怕必有再举之忧。”王敦一向忌惮二人之才，心中颇以为然，从容问王导说：“周顗、戴渊深得南北士人之望，应当做三司（太尉、司徒、司空）吧。”王导不答。王敦又说：“如果不做三司，只让他们做尚书令或左右仆射吗？”王导又不答。王敦接着说：“如果不这样，那就只有诛杀了！”王导还是不答。
三月二十三日，王敦派部将、陈郡人邓岳逮捕周顗及戴渊。之前，王敦对谢鲲说：“我准备任命周顗为尚书令，戴渊为仆射。”这天，又问谢鲲：“近来舆论如何？”谢鲲曰：“明公之举，虽然是为了保存社稷，但是舆论反应，实在是在大义上还有亏缺。如果真能举用周顗、戴渊，则群情敬服矣！”王敦怒道：“你真是粗陋没见识！这两个家伙不像话，我已经把他们抓起来了！”谢鲲愕然自失。参军王峤曰：“‘济济多士，文王以宁。’为何屠戮名士！”王敦大怒，要斩温峤，众人都不敢说话。谢鲲曰：“明公发动这么大事变，都没有杀一个人。温峤只是贡献他的看法，忤逆了您的旨意，就杀掉他，是不是有点过了！”王敦于是放过温峤，贬为为领军长史。温峤，是温浑的族孙。
周顗被抓，路经太庙，大声说：“贼臣王敦，倾覆社稷，枉杀忠臣。神祇有灵，当速杀之！”抓他的人用戟戳伤他的嘴，血一直流到脚踵，周顗神色自若，看见的人都为他流涕。周顗与戴渊一起，在石头城南门外被杀。
皇帝派侍中王彬去慰劳王敦。王彬一向与周顗友善，先去吊唁周顗，然后见王敦。王敦奇怪他面容惨淡，问他。王彬说：“之前哭伯仁（周顗字伯仁），情不能已。”王敦怒道：“伯仁自己找死；况且他也不过把你当一般人对待，你为何要为他哀哭？”王彬曰：“伯仁是忠厚长者，也是您的亲近好友；在朝中无非是正直敢言，并没有结党营私，而您在赦令之后，还对他加之以极刑，所以伤痛惋惜。”说得激愤，勃然数落王敦：“你抗旌犯顺，杀戮忠良，图为不轨，将要祸及门户了！”辞气慷慨，声泪俱下。王敦大怒，厉声说：“你狂悖至此，以为我不能杀你吗！”当时王导在坐，为之惧怕，劝王彬起身道歉。王彬曰：“脚痛不能拜！到了这个地步，还道什么歉！”王敦曰：“脚痛跟颈痛比怎么样！”王彬毫无惧色，坚决不拜。
王导后来整理中书档案，才看见周顗营救自己的表章，拿着流涕说：“我虽不杀伯仁，伯仁由我而死，幽冥之中，负此良友！”
在吴兴起兵的沈充攻拔吴国，杀内史张茂。
当初，王敦听闻甘卓起兵，大惧。甘卓哥哥的儿子甘卬为王敦参军，王敦派甘卬去对甘卓说：“您这是尽臣子本分，我不责怪您。我也是家人危在旦夕，不得不如此。如果您能将军队撤回襄阳，我们当重结盟好。”甘卓虽然也向慕忠义，但是性格多疑，没有决断，屯军于猪口，想要等各方一同出军，稽留几十天，也不前进。王敦既得建康。于是台使以驺虞幡进驻甘卓部队。甘卓听闻周顗、戴渊已死，流涕对甘卬说：“我所担忧的，就是今天这种局面。况圣上平安，太子无恙，我在王敦上流，他还不敢倾危社稷。如果直逼武昌，王敦势穷，必劫天子以绝四海之望，不如回襄阳，再思后图。”当即下令撤军。
都尉秦康与乐道融对甘卓说：“如今分兵截断彭泽，让王敦东西不能呼应，他的部众自然离散，可以一战而擒。将军起义兵而中途停止，我们为将军感到不可取。况且将军之下，士卒各求其利，想要他们西归，恐怕也做不到。”甘卓不从。乐道融昼夜涕泣劝谏，卓不听；乐道融忧愤而死。甘卓性格本来宽厚和气，忽然变得非常强硬，径直回襄阳，情绪浮躁，举动失常，有识之士都认为他死期不远了。
王敦任命西阳王司马羕为太宰，加授王导为尚书令，王廙为荆州刺史；撤换百官及诸军镇，转徙黜免者以百数；又朝令夕改，随心所以。王敦将要回武昌，谢鲲对王敦说：“您到首都以来，称疾不朝，所以虽然建立功勋，但人心实在是还未归附。现在如果去朝见天子，解开君臣之间的芥蒂，则天下心悦诚服。”王敦说：“您能保证不发生什么变故吗？”谢鲲说：“我近日入宫觐见，主上留着身边坐席，希望能见到您，宫停和各府衙门，一片穆然，必定无虞。您若入朝，我愿做您的侍从。”王敦勃然说：“就是把你这种人杀几百个，又有什么损失！”竟不朝而去。
夏，四月，王敦回到武昌。当初，宜都内史、天门人周级听闻谯王司马承起兵，派他的哥哥的儿子周该秘密到长沙，向司马承效忠。南蛮校尉魏乂封王敦之命，攻打湘州甚急，司马承派周该及从事、邵陵人周崎出城搬救兵，都被巡逻部队抓获。又让周崎对城中人说，大将军已经攻克建康，甘卓已回襄阳，外援已绝。周崎假意许诺，到了城下，大声呼喊说：“援兵很快就到，努力坚守！”魏乂杀死周崎。魏乂拷打周该至死，周该始终没说他为什么来长沙，周级由此得以保全。
魏乂等攻战日益紧逼，王敦将尚书台的书信及奏疏送来，令魏乂用箭射入城中，给司马承看。城中知到朝廷已经陷落，莫不怅惋。相持一百日，刘翼战死，士卒死伤相枕。四月十日，魏乂攻陷长沙，司马承等被俘。魏乂要杀虞悝，子弟对之号泣。虞悝曰：“人生会当有死，如今满门为忠义之鬼，亦复何恨！”
魏乂以槛车载司马承及易雄送到武昌，佐吏皆奔散，惟有主簿桓雄、西曹书佐韩阶、从事武延，改穿僮仆衣裳，跟从司马承，不离左右。魏乂见桓雄姿貌举止，不是凡人，忌惮他，将他杀死。韩阶、武延意志更加坚定。荆州刺史王廙秉承王敦旨意，在半途杀死司马承。韩阶、武延将司马承灵柩送到建康，葬之而去。易雄到了武昌，意气忼慨，毫无惧色。王敦派人把檄文拿给易雄看，数落他，易雄说：“确有此事，只恨我位微力弱，不能救国难而已。今日之死，正是我的愿望！”王敦忌惮他义正辞严，释放他，放他回到官舍。众人都祝贺他，易雄笑到：“我哪里还能活命！”既而王敦派人将他暗杀。
魏乂缉拿邓骞甚急，乡人都为他感到害怕，邓骞笑到：“这是要用我罢了，他刚刚得到本州，多杀忠良，所以找我来安抚人心。”于是前往进见魏乂。魏乂大喜道：“您，就是古代的解扬啊！”任命他为别驾。
皇帝下诏，任命陶侃兼任湘州刺史；王敦要求陶侃仍回广州，加授散骑常侍。
