如果说枪炮与钢铁打垮了美洲文明的肉体，那么病菌与流行病则彻底摧毁了其抵抗意志。皮萨罗之所以能取得决定性胜利，更关键的原因在于印加帝国爆发了内战，而内战的导火索正是欧洲人带来的天花。
这样的例子在欧亚大陆与美洲文明接触的过程中屡见不鲜。比如众所周知的1492年哥伦布发现美洲大陆事件：当时印第安原住民人口约2000万，但此后200年内，这一数字锐减了95%。
1500年，天花随一名西班牙奴隶传入墨西哥，引发的流行病导致阿兹特克近半数人口死亡；到1618年，墨西哥原本2000万的人口已急剧降至160万。
欧亚大陆在武器技术上的确拥有巨大优势，但仅靠这一点，尚不足以解释他们如何征服人口众多的美洲。若没有他们“带”给美洲大陆的病菌，这一切或许根本不会发生。正是枪炮、病菌与钢铁这三种因素的结合，让欧亚大陆的对外殖民轻易征服了美洲大陆。
