学习OrthoFinder之前，先学习了一些基因家族的知识，基因家族的文章是很有意(guan)义(shui)的。
基因家族，是来源于同一个祖先，由一个基因通过基因重复而产生两个或更多的拷贝而构成的一组基因，它们在结构和功能上具有明显的相似性，编码相似的蛋白质产物。
基因家族可以做什么：系统进化分析；物种分歧时间估算；基因家族扩增/收缩分析；
OrthoFinder官方教程可以在github上面看到 https://davidemms.github.io/
OrthoFinder提供了三种安装方式
1、wget https://github.com/davidemms/OrthoFinder/releases/latest/download/OrthoFinder.tar.gz 以后tar解压直接可以用
2、conda install
3、docker
OrthoFinder is a fast, accurate and comprehensive platform for comparative genomics. It finds orthogroups and orthologs, infers rooted gene trees for all orthogroups and identifies all of the gene duplication events in those gene trees. It also infers a rooted species tree for the species being analysed and maps the gene duplication events from the gene trees to branches in the species tree.
OrthoFinder的input data只需要提供蛋白序列就可以了，而且还可以建树
最后引用作者的两篇文章
