LOD值（ LOD score）定义：确定两个基因座是否在染色体上距离很近，因此可能一起遗传的统计学评估。三个或更多的LOD评价通常显示了两个基因座的位置很紧密。
详解：遗传学上通常用或然率的常用对数作为标准的衡量方法，该值的对数值称为Lod值或对数优势比：根据两个非此即彼的假设，计算数据的整体或然性，以确定两个基因座或是按一定的重组率而相互连锁的可能性或是互不连锁的可能性；这两种可能性之比，是基因座实际上为连锁的可能性；这个比率的10作底的对数就是对数优势比。为了确定两对基因之间是否存在连锁，一般要求或然比大于1000：1，即Lod>3；而要否定连锁存在，则要求或然小于1:100，即Lod<-2。
通常判定连锁关系是以Lod值大小为依据。Lod值为0，意味着连锁假设与不连锁假设的可能性相等；Lod值为正值，有利于连锁；Lod值为负值，表示有一定重组率的连锁。显著的域值是+3和－2。Lod=+3时，连锁的概率为95%。
WINQTL结果中，LOD1_L，LOD1_R，LOD2_L，LOD2_R是指QTL置信区间的左右边界，LOD1表示99%的置信区间，LOD2表示95%的置信区间。
分子标记遗传图谱构建
在分离群体中，每一个标记位点上的基因型可通过分子标记带型来确定。通过两位点上不同基因型出现的频率来估算重组交换值，或通过适当的统计方法(如似然比检验)对两个基因位点是否呈连锁遗传作连锁分析。存在连锁(r<0. 5)与不存在连锁((r=0.5)的概率可用似然函数表示，其比也称为似然比。似然比取以10为底的对数，即为LOD值。LOD值的大小反映了两位点基因存在连锁可能性的大小，该值越大，则基因存在连锁的可能性越大。当然，在构建分子标记连锁图中，由于每条染色体上都涉及许多标记座位，多位点间的排列顺序和相互间的遗传图距，需要进行多个位点的联合分析，即多点测验。对大量标记位点间的连锁分析，需要借助计算机及相关软件作分析处理。
目前，国际上已开发出多个作图软件。在植物遗传作图应用中，应用最为广泛的软件是MAPMAKER/EXP，JoinMap等。
连锁分析后，要通过作图函数将重组率转换为遗传图距。目前，有两种作图函数：Haldane作图函数和Kosambi作图函数，两者的区别是前者假定完全没有交叉干扰。Kosambi作图函数算出的图距比Haldane作图函数的图距小，且更为合理，因此在遗传学研究中得到了更广泛的应用。
