主要内容

• 介绍了单细胞表观层面研究的意义

• scATAC-seq实验、建库、分析的流程

  
  

单细胞表观层面研究的意义

生物体是复杂的，单细胞水平可以解决细胞异质性的问题，细胞间的差异不仅体现在基因组层面上，也体现在表观层面上。

10x 平台scATAC-seq的概述

• 单细胞层面研究表观基因组学
• 能控制较低的线粒体reads
• 每个channel 可以上样500-10,000核，通量高
• 65%的捕获率
• 适用于细胞系、原代细胞、新鲜和冻存样本
• 包括分析、可视化软件

分析流程

• 建库测序流程

scATAC-seq的测序要求有些特殊（如要求i5 index测16个cycle），所有难以与其他文库一同测序，建库通常是分开的

• Cell ranger ATAC流程
  
• cell ranger分析结果示例

资源

Howard Y chang 和William J Greenleaf最近在bioRxiv上线的利用sc-ATAC研究免疫细胞发育的文章：

Q & A

scATAC-seq与scRNA-seq相比主要在核的抽提，要保证核的完整性，细胞状态等