主要内容
- 介绍了单细胞表观层面研究的意义
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scATAC-seq实验、建库、分析的流程
单细胞表观层面研究的意义
生物体是复杂的，单细胞水平可以解决细胞异质性的问题，细胞间的差异不仅体现在基因组层面上，也体现在表观层面上。
10x 平台scATAC-seq的概述
- 单细胞层面研究表观基因组学
- 能控制较低的线粒体reads
- 每个channel 可以上样500-10,000核，通量高
- 65%的捕获率
- 适用于细胞系、原代细胞、新鲜和冻存样本
- 包括分析、可视化软件
分析流程
- 建库测序流程
scATAC-seq的测序要求有些特殊（如要求i5 index测16个cycle），所有难以与其他文库一同测序，建库通常是分开的
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Cell ranger ATAC流程
- cell ranger分析结果示例
资源
Howard Y chang 和William J Greenleaf最近在bioRxiv上线的利用sc-ATAC研究免疫细胞发育的文章：
Q & A
scATAC-seq与scRNA-seq相比主要在核的抽提，要保证核的完整性，细胞状态等
