# ACAT-O
# ACAT文章（AJHG, 2019）说明，burden test和SKAT和ACAT互为补充，ACAT-O整合基于柯西分布整合多种方法得到的p值
这个概念类似SKAT-O，整合了burden test和SKAT，下述SKAT-O的原理
Qρ = (1 − ρ)QS + ρQB,
where QS is a test statistic of SKAT, and QB is a score test statistic of the burden test. The ρ
value can be specified by using the r.corr parameter (default: r.corr=0).
rho=0, SKAT
rho=0.9
rho=1, Burden test
本次ACAT-O方法，使用原文介绍的步骤，如下：
We construct the omnibus test (ACAT-O) for a variant set by combining six set-based tests,
i.e., ACAT-V, SKAT, the burden test, and each test with two choices of weights
(i.e., the weights with a1=1, a2=1 and weights with a1=1 and a2=25) so that it is
robust to the sparsity of causal variants, the directionality of effects, and the choice of weights.
具体方案：
首先使用SKAT包得到burden和SKAT两种方法在两种不同权重下的四个p值
然后使用ACAT包中的ACAT_V函数得到ACAT_V方法在两种不同权重下的两个p值
最后使用ACAT函数整合上述6个p值，得到最终p值
按照官方要求下载有的会成功有的则不行，查看很多博主安装说是电脑网络还是啥子没搞懂
library(devtools)
devtools::install_github("yaowuliu/ACAT")
然后我选择本地安装
首先从GitHub中下载ACAT软件包：https://github.com/yaowuliu/ACAT或者https://content.sph.harvard.edu/xlin/index.html，下载下来是.zip的文件
文章链接为（https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0002929719300023），该篇文章发表在
install.packages("~/R/master.zip", repos = NULL, type = "win.binary")
然而会报错：
而后想起来是从GitHub下载的，就用devtools::install_local试了一下
果然成功了devtools::install_local("/share/home/chenfk/R/master.zip")
就很nice，哈哈哈哈！
