将经过过滤后得到的高质量数据比对到参考基因组上，并进行排序和去重复等处理，用于后续的变异检测。
软件准备
bwa
samtools
picard
文件准备
参考基因组：genome.fasta
测序数据文件：sample1_1.fq.gz、sample1_2.fq.gz、sample2_1.fq.gz、sample2_2.fq.gz
构建基因组index
重测序很多软件不能直接读取基因组，需要对基因组构建index才能使用。
samtools faidx genome.fasta #基因组的统计信息
bwa index genome.fasta #bwa比对需要的索引文件
picard CreateSequenceDictionary R=genome.fasta #生成字典序文件
比对
采用bwa (Li,H.,and R. Durbin等，2009) mem程序将经过过滤后得到的高质量数据比对到参考基因组上，比对的参数均按照bwamem的默认参数。采用samtools软件对sam文件进行排序并转换为bam文件。测序数据的生成过程涉及到文库的扩增和簇的形成，这两个步骤容易产生一些 Duplicates（即PCR Duplicates和Optical Duplicates），这些Duplicates 不能作为变异检测的证据。采用Picard软件包中的“MarkDuplicates” 去除Duplicates，即如果多个Paired Reads比对后具有相同的染色体坐标，则仅保留分值最高的Paired Reads。
bwa mem -t 2 \ # -t 线程数
-R '@RG\tID:{sample}\tSM:{sample}\tPL:illumina' \ # 添加表头信息
genome.fasta \ 参考基因组index路径
S1_1.fq.gz \ fq1数据
S1_2.fq.gz \ fq2数据
2>S1.bwa.log | \ 写到日志文件
samtools sort -@ 2 -m 1G -o S1.sort.bam - \ 排序
##生成文件：S1.sort.bam
#去除重复
picard -Xmx4g \ #设置内存
MarkDuplicates I=S1.sort.bam \ #输入文件
O=S1.sort.rmdup.bam \ #输出文件
CREATE_INDEX=true \ #创建bam index
REMOVE_DUPLICATES=true M=S1.marked_dup_metrics.txt
#比对率统计
samtools flagstat S1.sort.bam > S1.sort.bam.flagstat
#覆盖率统计
samtools coverage S1.sort.bam
