主要是将数据可视化看看数据是否存在异常
1.先加载绘图包和原始数据
library(ggplot2)
library(ggsci)
mythe <- theme_bw() + theme(panel.grid.major=element_blank(),
panel.grid.minor=element_blank())
lname <- load(file = "data/Step01-airwayData.Rdata")
lname
exprSet <- log10(as.matrix(express_cpm)+1)
exprSet[1:6,1:6]
2.样本表达总体分布-箱式图
data <- data.frame(expression=c(exprSet),
sample=rep(colnames(exprSet),each=nrow(exprSet)))
head(data)
p <- ggplot(data = data, aes(x=sample,y=expression,fill=sample))
p1 <- p + geom_boxplot() +
mythe+ theme(axis.text.x = element_text(angle = 90)) +
xlab(NULL) + ylab("log10(CPM+1)") + scale_fill_lancet()
p1
可以看出数据很平稳
3.样本表达总体分布-小提琴图
p2 <- p + geom_violin() + mythe +
theme(axis.text = element_text(size = 12),
axis.text.x = element_text(angle = 90)) +
xlab(NULL) + ylab("log10(CPM+1)")+scale_fill_lancet()
p2
4.样本表达总体分布-概率密度分布图
m <- ggplot(data=data, aes(x=expression))
p3 <- m + geom_density(aes(fill=sample, colour=sample),alpha = 0.1) +
xlab("log10(CPM+1)") + mythe +scale_fill_npg()
p3
