主要是将数据可视化看看数据是否存在异常

1.先加载绘图包和原始数据

library(ggplot2)
library(ggsci)
mythe <- theme_bw() + theme(panel.grid.major=element_blank(),
                            panel.grid.minor=element_blank())

lname <- load(file = "data/Step01-airwayData.Rdata")
lname
exprSet <- log10(as.matrix(express_cpm)+1)
exprSet[1:6,1:6]

2.样本表达总体分布-箱式图

data <- data.frame(expression=c(exprSet),
                   sample=rep(colnames(exprSet),each=nrow(exprSet)))
head(data)

p <- ggplot(data = data, aes(x=sample,y=expression,fill=sample))
p1 <- p + geom_boxplot() + 
  mythe+ theme(axis.text.x = element_text(angle = 90)) + 
  xlab(NULL) + ylab("log10(CPM+1)") + scale_fill_lancet()

p1

可以看出数据很平稳

3.样本表达总体分布-小提琴图

p2 <- p + geom_violin() +  mythe +
  theme(axis.text = element_text(size = 12),
        axis.text.x = element_text(angle = 90)) + 
  xlab(NULL) + ylab("log10(CPM+1)")+scale_fill_lancet()
p2

4.样本表达总体分布-概率密度分布图

m <- ggplot(data=data, aes(x=expression)) 
p3 <- m +  geom_density(aes(fill=sample, colour=sample),alpha = 0.1) + 
  xlab("log10(CPM+1)") + mythe +scale_fill_npg()
p3