接着上一个帖子，在总结出我说可以通过爬虫获得两个基因命名规则匹配的文本文件，但是肥肥让我想到了一个办法可以在网站上直接下载该文件，这个神奇的网站就是 Ensembel Plant bioMart
本身该网站就可以直接转基因ID,参考bioinfowen，但是对于番茄SL2.5基因ID（SolycXXgXXXXXX），它的识别是基于Protein stable ID[e.g. Solyc00g007010.3.1]和 STRING ID，二者一致，都是对应具体蛋白，如果我们对转录本进行ID转换是可以的，但是我们是对基因进行转换，因此没有后面的小数点等后缀。那么该如何办呢？
办法：直接下载网站的参考的ID转换文件，自己修改。
具体步骤：选择好参考基因组后，等网站刷新完，依次点击 Attributes，EXTERNAL，在 External References 下勾选 NCBI gene ID，STRING ID ，然后点左上角的 Count，等待其刷新完
点击Results，后面出来表格，选好格式，直接点击GO下载就可以了，获得了文件，进行文本操作就能得到最终的结果，结果文件我放在github
名字开头是 sly。注意这个结果文件中的会有重复值，也就是会有几个EntrezID对应同一个基因名或者转录本名。
所以这个办法应该适用于所有能够在Ensemble Plant查到的物种而不只是番茄
补充：昨天我发现一个问题，就是Ensemble Plant 上面的文件有可能因为没有及时更新，所以匹配的基因名可能比现在在Entrez上面搜到的要少很多，因此还是建议去NCBI的官方FTP去下载最新的基因名匹配注释文件，更加准确一些
