1.向量
首先明确“元素”的意思，元素指的是数字或者字符串（用chr表示）等，根据它可以区分两个词：
标量：一个元素组成的变量
向量：多个元素组成的变量
（补充：一个向量是一排有序排列的元素，以后会用到把一个向量作为数据框中的一列的情况。）
x<- c(1,2,3) #常用的向量写法，意为将x定义为由元素1，2，3组成的向量。
x
#[1] 1 2 3
x<- 1:10 #从1-10之间所有的整数
x
#[1] 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10
x<- seq(1,10,by = 0.5) #1-10之间每隔0.5取一个数（注意是逗号不是分号）
x
#1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 4.5 5.0 5.5 6.0 6.5 7.0 7.5 8.0 8.5 9.0 9.5 10.0
x<- rep(1:3,times=2) #1-3 重复2次
x
# 1 2 3 1 2 3
2.从向量中提取元素
（1）根据元素位置
#这里的x是你刚才赋值的变量名，根据自己的情况来修改
x[4] #x第4个元素
x[-4]#排除法，除了第4个元素之外剩余的元素
x[2:4]#第2到4个元素
x[-(2:4)]#除了第2-4个元素
x[c(1,5)] #第1个和第5个元素
（2）根据值
x[x==10]#等于10的元素
x[x<0]#小于0的元素
x[x %in% c(1,2,5)]#存在于向量c（1，2，5）中的元素
Part2：数据框
（1）读取本地数据
sep，header是比较常用的参数，可以看帮助文档尝试理解它们的意思
（2）设置行名和列名
b<-read.csv('doudou.txt') #在示例数据里有doudou.txt 注意这里的变量X是一个数据框
colnames(b) #查看列名
#"X1" "X2"
rownames(b) #查看行名,默认值的行名就是行号1.2.3.4...
#"1" "2" "3" "4" "5"
colnames(b)[1]<-"bioplanet"#有的公司返回数据，左上角第一格为空，R会自动补为x,用这个命令来修改
d<-read.csv(file = "huahua.txt",sep = "",header =T,row.names=1)
#最后row.names的意思是修改第一列为行名
（3）数据框的导出
write.table(X,file = "yu.txt",sep = ",",quote=F)
#分隔符改为逗号，字符串不加双引号（默认格式带由双引号）
（4）变量的保存与重新加载
#这次没有处理完的数据下次想接着用怎么办?
#--学会保存和重新加载。保存的格式是RData
save.image(file="bioinfoplanet.RData")
#保存当前所有变量
save(X,file="test.RData")
#保存其中一个变量
load("test.RData")#再次使用RData时的加载命令
（5）提取元素
- b[x,y]#第x行第y列
- b[x,]#第x行
- b[,y]#第y列
- b[y] #也是第y列
- b[a:b]#第a列到第b列
- b[c(a,b)]#第a列和第b列
- b$列名 #也可以提取列（优秀写法，而且这个命令还优秀到不用写括号的地步，并且支持Tab自动补全哦，不过只能提取一列）
（6）【选修部分】直接使用数据框中的变量
提取某两列作散点图：
（需要提示一下，这里的case和values是两个单纯的列名，没别的意思）
options(stringsAsFactors = T)
a <data.frame(case=paste0("S",1:9),values=runif(9))
plot(a$case,a$values)
Rplot3.png
--这种方法有个缺点：数据框名a在代码中重复出现（不符合懒惰（哦不，高效）的要求）
这里地数据框名比较简短，可能你看不出不够优雅，本着花花懒惰的强迫症精神，不能允许数据框名出现两次。（如果你不够懒惰，下面的代码别看了，会瞎的）
那么如何懒惰地实现：
方法1：attach
将数据框名添加到搜索环境中：attach（a）,作图时就只需输入列名(连$都不用了)。
attach(a)
plot(case,values)
做完后将a删除出搜索环境 detach（a）
局限性：两个以上数据框的列名有冲突时，同时attach会报错。
方法2：with
with(a,{
plot(case,values)
x<<-summary(values) #求和并赋值给x,<<的意思是作为全局变量，也就是出了大括号仍有效。
})
x #运行完后打印x
# Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max.
#0.1549 0.3953 0.4948 0.6050 0.9820 0.9895
简单查一下什么是with哦？这并不是一个必学的知识点，只是作为补充。
由于昨天没有用到脚本窗口，这里正好学习一下脚本的使用和保存：将上面的代码复制（手打更好）到一个新的R脚本中。
image
然后保存到工作目录下，用凡人的方式打开，你会看到它长这样。
请注意脚本文件的后缀就是R，在R语言里还是很在意后缀的。很多复杂的代码都是大神写的，就是以脚本的形式给你，要用的时候直接找到他，用Rstudio打开就好。
作业：整理笔记和思维导图，仍然发到简书专题，记得群里@花花，告知作业完成。
另外请在作业中回答一个问题：save(X,file="test.RData")这句代码如果报错object X not found，是为什么，应该怎么解决？
因为X是一个变量，保存时不能保存变量，假如改称d就可以直接保存
