本地部署InterProScan

InterProScan的在线服务最近老是崩，而且不是很方便用于大规模分析，所以最近搞了个本地的

消耗的资源没我想象的多，其实解压完也就几十个GB而已

而我幸好在几年前非常有远见的准备好了很多机械硬盘装在我的台式机里

我甚至都没把这个部署到服务器，因为服务器租借的硬盘费用最近都在暴涨，1TB租一年的费用够我以前自己买一块4TB的硬盘了！

好了，不多说了，开始正文

首先说一下InterProScan的安装方式，官方给的包是自带了软件本体和数据库的

# make dir for install
mkdir -p /mnt/w/interproscan
cd /mnt/w/interproscan

# download
wget -c https://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/iprscan/5/5.78-109.0/interproscan-5.78-109.0-64-bit.tar.gz

# check md5
wget https://ftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/iprscan/5/5.78-109.0/interproscan-5.78-109.0-64-bit.tar.gz.md5
md5sum -c interproscan-5.78-109.0-64-bit.tar.gz.md5

# unzip
tar -pxvzf interproscan-5.78-109.0-64-bit.tar.gz

这里顺便说下最好解压时加上-p参数，这样保留文件的可执行属性，省的自己chmod

安装好了可以试试，这样就是离线的本地运行InterProScan了！

/mnt/w/interproscan/interproscan-5.78-109.0/interproscan.sh \
  -i proteins.fa \
  -o results/proteins.tsv \
  -f tsv \
  -cpu 16 \
  -goterms \
  -iprlookup \
  -dp

注意，-dp是disable precalculated match lookup，关闭预计算匹配服务，关闭后全部使用本地的数据库进行检索，而不是查询蛋白序列的md5联网查询数据库。

Enjoy it！