Obsidian 科研笔记一站式教程

既然在看 Obsidian 的教程,想必已经知道 Obsidian 的是什么软件了吧。下面是一些我个人觉得有用的 Obsidian 配置 & 使用,希望本文能帮助到您!!!

文献笔记工具(Citations 插件)

这是一个清晰明了的一站式教程

Zotero 导出文献元信息

(1)首先在 Zotero 中安装 Better BibTex 插件,安装步骤如下:

  • Github Releases 下面下载 XPI 文件;
  • 在Zotero内点击Tools -> Add-ons,然后将 XPI 文件拖进去;
  • 点击 Install 即可。

(2) 修改 Citation Key(非必须)

建议先 点击 Edit -> Preferences, 将 Citation Key format 更换成如下,将年份作为起始名称。

image.png

然后在 My Library 中选中所有的文件,右键点击 Better BibTex -> Refresh BibeTex Key

(3)导出文献元信息文件

然后导出 Better CSL Json 格式的文件,步骤如下:

  • 在 Zotero 右键 My Library ,然后点击 Export Library...
  • 选中 Keep updated ,指定 CSL JSON 格式;
  • 将导出的文件保存到某个目录下,例如命名文件为 My Zotero Library.json

在 Zotero 的偏好配置里面可以看到如下:


image.png

Citations 插件对应配置

(1)Citations 内的路径配置

然后在Obsidian安装Citations插件,在插件设置中设置对应的文件路径,Citation database path 是 My Zotero Library.json 的路径名,然后 Literature note folder 是自动存放在 Obsidian Vault 的位置。

image.png

(2)配置论文笔记模板

在Citations配置中插入如下,即可每次使用快捷键新建一个与Zotero文件对应Note文件,里面包好了打开Zotero对应文件项的超链接。


image.png

在 Literature note content template 插入如下:

---
title: {{title}}
authors: {{authorString}}
year: {{year}}
aliases: ["{{title}}"]
---

---
[zotero link]({{zoteroSelectURI}})

开始使用 Citations

在 Vault 中插入文献笔记的方式就是使用快捷键 Ctrl + Shift + O ,然后搜索到相应的论文,点击即可,下图是操作结果示例。

image.png

其它操作可以看设置中的快捷键(HotKey)或者命令窗口(Ctrl + P),包括:

  • Inset literature note reference:快捷键 Ctrl + Shift + E ,新建文献笔记,并将笔记链接插进当前笔记。
  • Insert literature note content in the current pane:将文献笔记内容插入进当前打开的笔记,并不新建笔记文件。
  • Insert Markdown citation:插入 Pandoc 风格的引用。

关于 Zotero 的链接(可忽略)

在 Citations 的输出中用到了 Zotero 协议的Schema:zotero://select/items/...,这个功能在官网上找不到相关教程,但是在Zotero开源仓库上可以找到,放在一个 zotero-protocol-handler 文件中,里面还有相关注释。

但是在该文件中没有找到 Citations 提供的 URI 格式 zotero://select/items/citationKey ,只找到了如下链接方式的注释:

  • 定位到对应 Item 的 URI 格式如下:zotero://select/library/items/itemKey
  • 打开 PDF 文件的 URI 格式如下:zotero://open-pdf/library/items/itemKey

在 Citations 的仓库中找到 Zotero 链接的生成方式如下:

/**
* A URI which will open the relevant entry in the Zotero client.
*/
public get zoteroSelectURI(): string {
    return `zotero://select/items/@${this.id}`;
}

另外 Zotero 的插件 Mdnotes 利用了两种格式,其代码如下:

function getLocalZoteroLink(item) {
    let linksString = "zotero://select/items/";
    const library_id = item.libraryID ? item.libraryID : 0;
    linksString += `${library_id}_${item.key}`;
    return linksString;
}

function getZoteroPDFLink(attachment) {
    return `zotero://open-pdf/library/items/${attachment.key}`;
}

备份与同步

可以直接将 Vault 目录放在同步盘中,比如 OneDrive。另外,Osidian 官方提供了核心插件 File Recovery,在 Core Plugins 中可以看到,开启后,可以在设置界面中打开File Recovery,然后修改 Snapshot 的时间间隔和存储快照份数。

但是为了更好的使用,如下途径也是必要的。

Git 版本控制

还可以使用Git版本控制,安装好Obsidian Git插件,然后在本Vault中初始化一个Git仓库,在Github或者GitLab建立一个仓库,将本地仓库与远程仓库对应。最后在Obisidian Git设置中设置Commit的时间间隔和Push的时间间隔。

从个人的使用经历来看,一定要使用 Git 做好版本管理和备份。File Recovery 只能一个个处理,而且删掉的没法处理。

移动端同步

需要移动端和PC端同步可以使用 Remotely Save 插件,但一定要做好备份工作,因为可能有BUG,或者个人操作失误。

Remotely Save 提供了几种模式的同步,我是用的是Webdav模式,利用坚果云的 Webdav 接口(因为 OneDrive 在这里不好用)。下面展示操作的过程(先在 Obsidian 安装好 Remotely Save 插件):

  • 首先在浏览器上注册一个坚果云账号(手机上下载对应的APP)。

  • 然后进入安全选项(APP上是 设置 -> 第三方应用),点击添加应用,生成对应的应用密码,如下图所示:

image.png
  • 回到Obsidian,进入Remotely Save 插件设置页面,选择 Webdav 服务,并填入(1)服务器地址;(2)账户(Username)和(3)密码。
image.png
  • 如果想要修改在坚果云上面的目录,可以修改目录名,然后点击 Confirm,并且 Check 查看是否连接上
image.png
  • 最后在 Obsidian 主页面点击 Remotely Save 按钮(一个圆圈形状的按钮),即可将内容同步上去。

注意:服务器偶尔“抽风”出现 503 错误属于正常现象,请间隔一段时间后操作。

  • 在手机端创建一个空 Vault,按前面相同操作,注意要指定坚果云上相同的目录,点击 Remotely Save 按钮就可以将内容从坚果云拉去下来。

  • 插件里面也可以设置间隔时间自动同步功能,相关功能自行设置即可。

任务管理

Obsidian的一部分功能是做方便学习工作的时候任务管理,一些好用的插件,包括 Kanban、Checklist、Tasks等等。

任务看板

安装第三方插件Kanban(看板),然后在主页面的某个目录右键,点击 New kanban board,新建一个看板页面。

Checklist

安装 Checklist 插件,如下插入任务,在 checklist 窗口可以看到。

#todo 
- [ ] 任务一
- [ ] 任务二

图片操作

图片之增删改查

(1)插入/下载图片
可以直接将图片拖进文本,图片将默认放在Vault的根目录上,然后使用Wiki文本语法插入。图片自动放置的位置可以在Settings->Files & Links中设置。

使用 Local images 插件

(2)自动删除无效图片

在有时候图片已经放在Vault里面了,但是文本修改的过程发现用不着了,可以使用第三方插件Unused Images来解决,该插件提供一个Toolbar工具,点击它可以自动删除没有被引用的图片。

(3)修改图片
修改图片大小可以使用wiki语法,如下所示:

![[image.png|400]]

并且可以指定图片的左右位置,例如:![[image.png|400|left]]

也可以使用扩充的Markdown语法来插入外部链接图片,如下所示:

![Engelbart|100](Attachments/Engelbart!100.jpg)

注意这不是基础的 Markdown 语法,其它平台上并不支持

(4)Image Tookit 查看图片
使用 Image Toolkit 插件可以点击放大查看图片。另外可以使用该插件提供的复制功能,实现将网络链接形式的图片本地化

上传图片

有一个方案就是使用 Image auto upload Plugin 插件,然后配合 PicGo (自动上传图片工具)使用。

主题设置

主题设置在 Settings -> Appearance 中,点击Manage,然后挑选一个自己喜欢的主题,这一步可能需要点时间等待。

我这里使用的主题是Blue Topaz,也是比较推荐的主题,因为比较养眼。除了要安装主题,还有安装一个插件Style Settings来配置Blue Topaz。在Settings -> Style Settings -> Blue Topaz Theme -> []()General Settings 中设置Color Palette,也就是该主题的基调,我选择是Avocado(牛油果)淡绿色。

文本编辑

Obsidian 使用 Markdown 文本作为页面的文件格式,自然是支持所有的基础 Markdown 语法,不了解的同学请查看相关教程

另外,Obisidian 里面还支持一些 Markdown 之外的编辑排版功能。

Markdown 编辑

在 Obsidian 中的Markdown编辑体验可能没有 Typora好,主要是缺少一些快捷操作,我们可以使用插件填平两者之间的差距。

(1)使用 Advanced Tables 插件快速操作表格

Markdown本身提供了表格语法,但是操作很麻烦,我们可以使用第三方插件Advanced Tables来加快表格的操作。

基本操作方法:按Tab键跳转下一个块(会自动格式化),按Shift+Tab键会往左跳转。

(2)使用 cMenu 插件提供 Markdown 编辑按钮(小白专供)

创建链接

(1)链接到某一篇文章
示例:[[Obsidian Note]],这个示例作为(3)的链接块。 ^link-example

(2)链接到某一个章节
[[Obsidian Note#创建链接]]

(3)链接到某一个块
可以直接在链接处输入[xxx#^],然后选择对应块;也可以先在链接源输入^link-text 自定义一个上标。
示例:[[Obsidian Note#^link-example]]

给链接赋予别名
示例:[[Obsidian Note#^link-example | 文章链接示例]]

Markdown 扩展

(1) 高亮文本功能

==高亮文本==

(2) Obsidian 的脚注效果

Obsidian 里面的脚注在阅读模式下是自动将脚注内容放在文章末尾,在 Live Preview 中没有这个效果,切换至阅读模式才能看得出效果。

Here's a simple footnote,[1] and here's a longer one.[2]

(3)Obsidian 中的引用块 Callout

Markdown 中的引用块是直接输入 > 加空格,然后输入文本,本身是没有任何图标和特殊的渲染。Obsidian 支持 Microsoft Docs 的引用块(blockquote)扩展语法,称为 Callout 。下面就是 Callout 的使用示例。

>[!note]

>[!info]

>[!question] 

>[!failure ]

>[!bug]

效果如下:

image.png

Obsidian 支持的全部 Callout 标签

  • note
  • abstract, summary, tldr
  • info, todo
  • tip, hint, important
  • success, check, done
  • question, help, faq
  • warning, caution, attention
  • failure, fail, missing
  • danger, error
  • bug
  • example
  • quote, cite

VIM 模式

在设置中开启Vim模式,注意要把Obsidian默认的行删除快捷键 Ctrl+D 删除掉,就在 Settings->Hot Keys 中,搜索 Delete paragraph ,将快捷键删除或者重新设置一个。

为了更好的使用体验,需要用到Vim的配置文件。为此,要给 Obsidian 安装第三方插件 Vim Support ,然后在Vault根目录下创建配置文件.obsidian.vimrc,下面是简单的配置示例,这也是官方示例:

" Have j and k navigate visual lines rather than logical ones
nmap j gj
nmap k gk
" I like using H and L for beginningend of line
nmap H ^
nmap L $
" Quickly remove search highlights
nmap F9 nohl

" Yank to system clipboard
set clipboard=unnamed

" Go back and forward with Ctrl+O and Ctrl+I
" (make sure to remove default Obsidian shortcuts for these to work)
exmap back obcommand appgo-back
nmap C-o back
exmap forward obcommand appgo-forward
nmap C-i forward

  1. This is the first footnote.

  2. Here's one with multiple paragraphs and code.

    Indent paragraphs to include them in the footnote.

    { my code }

    Add as many paragraphs as you like.

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