samtools addreplacerg 报错 The supplied RG line lacks an ID tag

这是一个bug

你得保证-r 后面ID作为primary key不在最后一项出现，
但如果在-r后批量写RG text，比如

 samtools addreplacerg -r  ID:xxx SM:xxx -o xxxx.bam  xxxxxxx.bam

依然报这个错。
所以你得这样写：

 samtools addreplacerg -r  ID:xxx -r SM:xxx -o xxxx.bam  xxxxxxx.bam

-r出现至少两次以上……以及ID放在第一个-r后。

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