莫莉是一个生活在寄养家庭的孤儿，因为在图书馆里偷了一本《简爱》，而必须完成五十个小时的社区服务。而工作的内容，是帮助一个九十一岁的老妇人薇薇安清理阁楼。本以为这将是份无聊至极的工作，莫莉却意料之外地在这个过程中与薇薇安熟识了起来，了解到了属于薇薇安的故事。
薇薇安出生在爱尔兰，那个时候，她的名字还是妮芙。7岁的时候，因为生计，妮芙全家迁至美国。期待中绚烂多彩的美国梦不光没有实现，妮芙全家还遭遇了一场大火，妮芙的双亲在火灾中丧生，妮芙成为了一名真正的孤儿，踏上了那列承载其一生命运的火车——孤儿列车。
孤儿列车是美国历史上真实存在的，它由美国东部出发，前往中西部地区。列车上的孩子们均是孤儿，在沿途中任人挑选，被不同的家庭收养，被动地接受着命运的安排。妮芙在列车上遇到了勇敢独特的男孩德国仔，并在接触的过程中对他敞开心扉。然而，这样细微的情愫在即将变得面目全非的命运面前，显得那样苍白无力。
妮芙先是被做服装生意的商人收养，充当免费的劳动力，之后辗转到一个贫穷的农户家，受尽凌辱，名字也被收养人以方便称呼为由改成了罗茜。在尝尽了人生的酸涩与苦楚后，终于在好心人的帮助下，被一对丧女的夫妇收养，过上了与正常同龄女孩相近的生活。而这对夫妇为了纪念自己已故的女儿，将她称呼为已故女儿的名字——薇薇安。
十九岁那年，薇薇安与德国仔重逢，理所当然地坠入爱河，喜结连理。那段日子，大概是薇薇安生命中最为甜蜜快乐的时光，从登上孤儿列车的那刻起，薇薇安第一次觉得，自己，也可以梦想未来。
就在读者以为幸福之神终于眷顾了薇薇安时，故事，再一次迎来了转折。
战争的爆发，使得德国仔踏上战场，已怀有身孕的薇薇安只能通过书信来表达自己的牵挂与惦念。然而命运没有停止对薇薇安的捉弄，德国仔战死沙场，一生挚爱在顷刻间离她而去，巨大的悲伤再一次将她彻底笼罩，好不容易变得完整的生活瞬间支离破碎……薇薇安生下了她与德国仔的孩子，然后，送走了她。
鲁迅先生曾说过，悲剧，就是把人生有价值的东西毁灭给人看。
对于《孤儿列车》所讲述的故事来讲，便是如此。
薇薇安的父母、家庭、自由、尊严、爱情……一个个被生活撕碎摧毁，在每一次以为可以获得幸福的时候，命运，总是无情地将希望泯灭。在遭受了这一切的打击、重伤后，薇薇安有足够的理由变得愤世嫉俗，变得负面消极，然而……她并没有。虽然薇薇安在一定程度上封闭了自己的心，但在遇到了像莫莉这样需要帮助的少女时，薇薇安毫不吝啬地用自己的故事给了她勇气。同时，薇薇安也在莫莉的帮助下，找到了多年前被自己抛弃的女儿……
薇薇安的一生似乎就是一场得到与失去的旅程，失去家人，得到栖身之处，失去名字，得到温饱，失去自由，得到上学的机会，再次失去名字，得到正常女孩应该过的生活，得到爱情和新的家庭又在顷刻间全部失去……欢笑过，悲伤过，迷茫过，怨恨过……然而终有一天，可以尽可能坦然地面对着回忆中的一切，正视生命给出的答案。
其实，并非仅仅是薇薇安，我们每个人的人生，都是如此。交杂着得到与失去，偶尔患得患失，偶尔泰然处之……在过了很多年后暮然回首之时，便会发现，曾经的大喜或者大悲，只是沧海一粟，往事如烟，飘渺而过。而那些曾经得到的，亦或者是失去的，似乎都有了全新的意义，无论是对自己，或者旁人。
我们从眼泪中体味坚强，从失去中学会珍惜，从挫折中得到勇气……也许，我们并不会也不想像小说中的主人公那样，经历那么跌宕起伏的人生，但至少希望有一天，能够微笑着对自己说，感谢生命中的得到与失去，让我成为了更好的自己。
