稀疏矩阵及其压缩格式

一般情况下,稀疏矩阵指的是元素大部分是0的矩阵(有些资料定义非零元素不超过5%的矩阵,为稀疏矩阵), 矩阵的稀疏性可以用一个分数来量化,即矩阵中零元素的个数除以矩阵中元素的总数。存储稀疏矩阵时只描述其非零元素的值及所在位置, tensorflow的sparse_tensor类型还会存储稀疏矩阵的形状.

import numpy as np
from scipy import sparse

# dense matrix
A = np.array([[1,2,0],[0,0,3],[1,0,4]])
# print dense matrix A
[[1 2 0]
[0 0 3]
[1 0 4]]

# sparse matrix
sA = sparse.csr_matrix(A)
# print sparse matrix sA
(0, 0) 1
(0, 1) 2
(1, 2) 3
(2, 0) 1
(2, 2) 4

# sparse 转为 dense
sA.todense()
matrix([[1, 2, 0],
        [0, 0, 3],
        [1, 0, 4]], dtype=int64)

存储稀疏矩阵时常用的有如下三种压缩格式:

(一)Coordinate(COO)

这种存储格式比较简单易懂,每一个元素需要用一个三元组来表示,分别是(行号,列号,数值),对应上图右边的一列。这种方式简单,但是记录单信息多(行列),每个三元组自己可以定位,因此空间不是最优。

(二)行压缩格式 Compressed Sparse Row (CSR)

这是经常用的一种,我们会经常在一些标准的线性代数库或者数值运算库中看到此方式存储;CSR是比较标准的一种,也需要三类数据来表达:数值,列号,以及行偏移。CSR不是三元组,而是整体的编码方式。数值和列号与COO一致,表示一个元素以及其列号,行偏移表示某一行的第一个元素在values里面的起始偏移位置。如上图中,第一行的第一个元素1在values中是第0个, 所以是0偏移,第二行元素第一个元素2是2偏移,第三行第一个元素5是4偏移,第4行第一个元素6是7偏移。在行偏移的最后补上矩阵总的元素个数,本例中一共是9个非零元素。

(三)列压缩格式 Compressed Sparse Column (CSC)

CSC是和CSR相对应的一种方式,即按列压缩的意思。

[[1 7 0 0]
 [0 2 8 0]
 [5 0 3 9]
 [0 6 0 4]]

以上图中矩阵为例:
Column Offsets:[0 2 5 7 9]
Row Indices:[0 2 0 1 3 1 2 2 3]
Values: [1 5 7 2 6 8 3 9 4]
Values中的元素要按列写, 跟COO和CSR不同, 指定了Values的元素顺序之后就可以写Row Indices了, 然后根据每一列第一个元素在Values中的位置确定偏移量Column Offsets. 如第一列第一个元素1是0偏移, 第二列第一个元素7是2偏移, 第三列第一个元素8是5偏移, 第四列第一个元素9是7偏移, 共9个元素.

最后编辑于
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 203,547评论 6 477
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 85,399评论 2 381
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 150,428评论 0 337
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 54,599评论 1 274
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 63,612评论 5 365
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 48,577评论 1 281
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 37,941评论 3 395
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 36,603评论 0 258
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 40,852评论 1 297
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 35,605评论 2 321
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 37,693评论 1 329
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 33,375评论 4 318
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 38,955评论 3 307
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 29,936评论 0 19
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 31,172评论 1 259
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 43,970评论 2 349
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 42,414评论 2 342