一. 群体结构评估
1.群体结构
群体结构
群体结构评估内容
- 构建系统发育树
- 群体结构分析
- PCA（主成分分析）
群体结构评估的主要内容
a.系统发育树
系统发育树重构
一般 GWAS 都是种间的，用 NJ 法就可以，maga 就是针对 NJ 法构树的。
系统发育树相关介绍
b.群体结构分析
群体结构分析
STRUCTURE 和 ADMIXTURE 现在使用的最多。两者用的模型是一样的。
Structure中群体的亚群数被称为K值。上图中分别列出了K=5-14时的结果。图中每一种颜色代表一个类群，每个个体代表图中的一个小柱状堆叠图，那么我们可以看出有些个体血统较为纯正，有些则出现了混杂。通过颜色我们便可以对种群中的个体进行不同亚群的划分。
关于structure的相关解释http://www.genedenovo.com/news/364.html
STRUCTURE
ADMIXTURE
群体结构分析的主要结果
c.PCA（主成分分析）
PCA
协方差（Covariance）在概率论和统计学中用于衡量两个变量的总体误差。而方差是协方差的一种特殊情况，即当两个变量是相同的情况。
协方差表示的是两个变量的总体的误差，这与只表示一个变量误差的方差不同。 如果两个变量的变化趋势一致，也就是说如果其中一个大于自身的期望值，另外一个也大于自身的期望值，那么两个变量之间的协方差就是正值。 如果两个变量的变化趋势相反，即其中一个大于自身的期望值，另外一个却小于自身的期望值，那么两个变量之间的协方差就是负值。
如何选用
二. 亲缘关系评估
亲缘关系
这里 F 是近交系数，关于这个公式的推导可以看看孟浩巍的课，推到的很详细
不同的方法得到的结果大致相似
三. 群体结构和亲缘关系的使用
使用
