1、去除冗余的reads
for i in control_P_R1 Insulin_hcg_P_R1 insulin_P_R1;do deduplicate_bismark --bam $i.clean_bismark_bt2_pe.bam --output_dir ~/WGBS/dedup
结果：
生成deduplicated.bam和deduplication_report.txt文件
2、将bam文件转化为sam文件
for i in control_P_R1 Insulin_hcg_P_R1 insulin_P_R1;do samtools view – h $i.clean_bismark_bt2_pe.deduplicated.bam > $i.clean_bismark_bt2_pe.deduplicated.sam;done
结果：
结果
3、计算每个胞嘧啶的甲基化值
bismark_methylation_extractor --bedGraph -p --comprehensive --no_overlap --cytosine_report --counts --report --genome_folder ~/WGBS/ref control_P_R1.clean_bismark_bt2_pe.deduplicated.sam -o ~/WGBS/extr1
结果：
结果
