系统:ubuntu 18.0
环境:miniconda3
软件安装:conda install -c hcc aspera-cli
下载数据:
通过SSH连接:
ascp -v -k 1 -T -l 200m -i ~/miniconda3/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR857/SRR8571514/SRR8571514.sra ./
主机:
ascp -v -k 1 -T -l 200m -i ~/miniconda3/etc/asperaweb_id_dsa.putty anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR857/SRR8571514/SRR8571514.sra ./
批量下载:
for((i=488;i<=511;i++));do wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR857/SRR8571$i/SRR8571$i.sra;done
详见:https://www.jianshu.com/p/fdbd4c13fa29
报错及解决方法:
ascp: Target address not available #检查asperaweb_id_dsa.openssh 自己安装后的openssh位置和测序数据存放地址是否有误。
ascp: Failed to open TCP connection for SSH, exiting. #可能是网络、防火墙问题,未解决