conda用起来有些小问题，之前一直未能解决，将这些记录一下
1 往集群投递任务同时激活conda环境
看资料上说是改配置文件啥的，改完之后也没卵用，只需要在bash脚本里面加上绝对路径
#!/usr/bin/bash
source /usrdata/users/hwwang/miniconda3/bin/activate /usrdata/users/hwwang/miniconda3/envs/busco/
2 关于conda报HTTP连接错误的问题
问了下集群的管理员，其他使用者并没有遇到这种问题，说明并不是服务器网络的事，那就应该是conda的配置文件出现问题了，直接改一下配置文件，先做个备份 cp ~/.condarc ~/.condarc.bak
然后删除 .condarc 里的内容，把下面的内容复制到里面并保存
show_channel_urls: true
remote_read_timeout_secs: 1200.0
channels:
- http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
- http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
- http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
- http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/Paddle/
- http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/fastai/
- http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/pytorch/
- http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
ssl_verify: false
很不幸地，我再次遇到了连接错误的问题，咨询了下别人建议我重新安装一下，但之前所有的东西都要删掉，还是算了，不过可以曲线救国，直接在镜像上把包下载下来，手动安装不就可以了
去镜像上下载Index of /anaconda/cloud/bioconda/linux-64/ | 北京外国语大学开源软件镜像站 | BFSU Open Source Mirror isoseq3-3.8.2-h9ee0642_0.tar.bz2
然后cd ~/miniconda3/pkgs/ 运行conda install --use-local isoseq3-3.8.2-h9ee0642_0.tar.bz2
实测可用！
3 conda迁移环境打包
conda install -c conda-forge conda-pack
conda pack -n env_name -o output.tar.gz
复制压缩文件到新的电脑环境
进到conda的安装目录：~/miniconda/envs/
在该目录下创建文件夹 mkdir jcvi
解压conda环境：tar -xzvf output.tar.gz -C ~/miniconda/envs/jcvi/
使用conda env list查看虚拟环境
3 使用conda安装R语言及R包
创建并激活环境，我分别安装了两个R语言的环境，分别是R3.6.0以及R4.1.1，以R3.6.0为例：
conda env list # 查看已创建的conda环境列表
conda create -n r3.6
conda activate r3.6
conda install r-base=3.6.0 #安装R并指定版本
conda remove --name xxx --all #移除环境
conda env remove -p /usrdata/users/hwwang/miniconda3/envs/EDTAt
需要提示一下的是，如果conda报找不到包的问题，是因为没有在配置文件里加上R的镜像，可以把 http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r/ 加到你的 .condarc 文件里
然后就是安装了R包了
安装 ggpubr 的时候才体会到用conda有多香，这个包需要的依赖包贼多，安装过程挺长，我们集群如果在本地长时间运行任务会掉线，因此安装过程中断开了好多次，之后又把它提交到节点进行安装
#!/usr/bin/bash
source /usrdata/users/hwwang/miniconda3/bin/activate /usrdata/users/hwwang/miniconda3/envs/r3.6/
/usrdata/users/hwwang/miniconda3/envs/r3.6/bin/Rscript install.r
然后就是报错，类似这种 installation of package xxx had non-zero exit status
Warning messages:
1: In install.packages("ggpubr") :
installation of package ‘stringi’ had non-zero exit status
2: In install.packages("ggpubr") :
installation of package ‘stringr’ had non-zero exit status
3: In install.packages("ggpubr") :
installation of package ‘knitr’ had non-zero exit status
实际上的报错有8条，这里放上几条展示一下，主要是stringr和stringi两个包安装的问题，查阅相关资料也未能解决
然后就想到用conda直接安装或许可以解决，清华大学开源软件镜像站 里面没有ggpubr包，但可以用它安装 stringr，运行 conda install r-stringr，安装完毕后，再安装 ggpubr ，显示安装成功，并可以使用
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded from temporary location
** testing if installed package can be loaded from final location
** testing if installed package keeps a record of temporary installation path
* DONE (ggpubr)
The downloaded source packages are in
‘/tmp/RtmpknjjaH/downloaded_packages’
> library(ggpubr)
Loading required package: ggplot2
> gg
gg_dep ggboxplot ggecdf ggmaplot ggplot ggproto ggscatterhist ggtexttable ggplot2::
ggadd ggdensity ggerrorplot ggpaired ggplot_add ggproto_parent ggstripchart ggtitle
ggarrange ggdonutchart ggexport ggpar ggplot_build ggqqplot ggsummarystats ggviolin
ggballoonplot ggdotchart gghistogram ggparagraph ggplot_gtable ggsave ggsummarytable ggpubr::
ggbarplot ggdotplot ggline ggpie ggplotGrob ggscatter ggtext ggsignif::
DONE！
4 记录R的配置文件，vi ~/.Rprofile
options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")))
options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
.libPaths("/usrdata/users/hwwang/hychao/R_libs")
options(help_type="html")
5 jupyterlab配置R
#在R软件中，安装包，
install.packages('IRkernel')#用于把R导入到jupyterlab
IRkernel::installspec()#默认是显示的为名字为R，a kernel with the name “ir” and a display name of “R”
#如果后续需要导入其它的R环境，那可以使用下面的代码，给它改个名字便于标记
IRkernel::installspec(name = 'ir33', displayname = 'R_4.3.1_singlecell')#可以修改展示的名字
以上，后续遇到问题再补充
