Cupcake是一个三代测序后续分析软件的集合,其中包含的
ToFu软件可进行转录本的修剪（collapse_isoforms_by_sam.py）以及融合基因（fusion_finder.py）的鉴定。
更新
最近服务器升级导致之前安装的软件都得重新下载，然后按照之前的安装方式发现不行了，特此更新一下
最主要的是numpy的兼容性问题，python3.9以上版本只支持1.2版本的numpy，然后用源码安装就会出现报错，解决的方式就是使用conda创建一个python3.7的环境，然后conda安装1.19版本的numpy，然后再用conda安装cdna_cupcake
conda create -n py37 python==3.7
conda activate py37
conda install numpy==1.19.0
conda install cdna_cupcake
collapse_isoforms_by_sam.py -h
usage: collapse_isoforms_by_sam.py [-h] [--input INPUT] [--fq] -s SAM -o
PREFIX [-c MIN_ALN_COVERAGE]
[-i MIN_ALN_IDENTITY]
[--max_fuzzy_junction MAX_FUZZY_JUNCTION]
[--max_5_diff MAX_5_DIFF]
[--max_3_diff MAX_3_DIFF]
[--flnc_coverage FLNC_COVERAGE]
[--gen_mol_count] [--dun-merge-5-shorter]
下载Cupcake
git clone https://github.com.cnpmjs.org/Magdoll/cDNA_Cupcake.git
cd cDNA_Cupcake/
Tofu软件不能直接使用，需要安装，需要python>=3.7
创建conda环境
conda create -n python37 python=3.7
conda activate python37
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes
pip install pip -U
pip config set global.index-url https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
安装依赖包
pip install numpy
pip install Cython
python setup.py build
python setup.py install
整个安装过程大概十几分钟
最后测试一下
$collapse_isoforms_by_sam.py -h
usage: collapse_isoforms_by_sam.py [-h] [--input INPUT] [--fq] [-s SAM]
[-b BAM] -o PREFIX [-c MIN_ALN_COVERAGE]
[-i MIN_ALN_IDENTITY]
[--max_fuzzy_junction MAX_FUZZY_JUNCTION]
[--max_5_diff MAX_5_DIFF]
[--max_3_diff MAX_3_DIFF]
[--flnc_coverage FLNC_COVERAGE]
[--gen_mol_count] [--dun-merge-5-shorter]
[--cpus CPUS]
$fusion_finder.py
usage: fusion_finder.py [-h] [--input INPUT] [--fq] -s SAM -o PREFIX
[--cluster_report_csv CLUSTER_REPORT_CSV] [--is_flnc]
[--dun-merge-5-shorter] [-c MIN_LOCUS_COVERAGE]
[--min_locus_coverage_bp MIN_LOCUS_COVERAGE_BP]
[-t MIN_TOTAL_COVERAGE] [-d MIN_DIST_BETWEEN_LOCI]
[-i MIN_IDENTITY]
